针对“违规中标但工程已经竣工了该怎么处理”这一问题，核心结论是需根据违规性质、造成的后果及法律规定，综合采取行政处罚、民事追责、刑事追责或补救措施，具体处理方式需结合实际情况判断。以下是详细分析：

一、违规中标的法律性质与后果

违规中标通常涉及《招标投标法》《政府采购法》等法律法规的违反，可能包括：

1. 串通投标：如投标人之间或投标人与招标人私下协商，操纵中标结果；
2. 弄虚作假：如伪造资质、业绩等投标文件；
3. 行贿受贿：通过不正当手段获取中标；
4. 其他违法行为：如未满足招标文件实质性要求、低于成本价中标等。

后果：违规中标可能导致中标无效、合同无效，并面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

二、工程竣工后的处理方式

即使工程已竣工，违规中标的法律后果仍需承担，具体处理方式需结合违规性质和后果：

1. 行政处罚

• 依据：《招标投标法》第53-57条、《政府采购法》第72-77条等。
• 措施：
  • 罚款：对违规单位处以中标项目金额一定比例的罚款（如5‰-10‰）；
  • 没收违法所得：如通过违规中标获取的利润；
  • 吊销资质：对严重违规的单位，可能吊销营业执照或相关资质；
  • 列入黑名单：将违规单位或个人纳入失信名单，限制参与后续招标活动。
• 适用情形：违规行为未造成严重后果，或虽造成后果但可通过行政手段纠正。

2. 民事追责

• 依据：《民法典》第153条（违反法律强制性规定的合同无效）、第157条（民事法律行为无效后的财产返还与赔偿）。
• 措施：
  • 合同无效：违规中标导致的合同可能被认定为无效，双方需返还财产或折价补偿；
  • 赔偿损失：如因违规中标导致其他投标人损失，需承担赔偿责任；
  • 工程款结算：若工程已竣工且质量合格，可能参照合同约定结算工程款，但违规方可能需承担部分损失。
• 适用情形：违规行为导致他人损失，或合同效力存在争议。

3. 刑事追责

• 依据：《刑法》第223条（串通投标罪）、第164条（对非国家工作人员行贿罪）等。
• 措施：
  • 串通投标罪：对单位判处罚金，对直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
  • 行贿罪：对行贿方或受贿方追究刑事责任。
• 适用情形：违规行为情节严重，如涉及巨额贿赂、造成重大损失或社会影响恶劣。

4. 补救措施

• 重新招标：若违规中标导致项目无法继续，可能需重新招标；
• 工程验收与整改：即使工程已竣工，仍需验收质量，如不合格需整改；
• 信用修复：违规单位可通过整改、缴纳罚款等方式修复信用，争取后续参与招标的机会。

三、实务建议

1. 自查自纠：违规单位应主动配合调查，如实说明情况，争取从轻处理；
2. 保留证据：如工程竣工资料、付款凭证等，以备后续争议解决；
3. 协商解决：与其他相关方协商，尽量通过和解减少损失；
4. 法律咨询：涉及复杂法律问题时，及时咨询专业律师，制定应对策略。

总结：违规中标但工程已竣工的处理需结合违规性质、后果及法律规定，可能涉及行政处罚、民事追责、刑事追责或补救措施。建议根据实际情况，采取针对性措施，并咨询专业律师以降低风险。如有进一步问题，可直接向我咨询。