针对施工企业违规取得投标标底中标后，工程完工才发现这一情况，处理方式需结合具体违规情形、法律规定及实际影响综合判断。以下是分情况说明及处理建议：

1. 若违规行为涉及串通投标、行贿等刑事犯罪
   根据《刑法》第二百二十三条，串通投标罪可处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。若施工企业通过贿赂招标人、泄露标底等非法手段中标，可能构成串通投标罪或行贿罪。此时：

   • 行政处理：招标人可向行政监督部门（如住建部门）举报，要求撤销中标资格、没收保证金，并处以罚款（如中标金额5‰-10‰的罚款）。
     
   • 刑事追责：若证据充分，公安机关可立案侦查，追究施工企业及相关责任人的刑事责任。
     
   • 民事赔偿：其他投标人可依据《招标投标法》第五十三条，要求施工企业赔偿因违规中标导致的损失（如投标费用、预期利益等）。

2. 若违规行为仅涉及程序瑕疵（如未如实披露信息）
   若施工企业通过虚假材料（如伪造业绩、资质）中标，但未达到刑事犯罪标准，则属于行政违法行为。此时：

   • 行政处罚：行政监督部门可责令改正，处中标金额5‰-10‰的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他责任人员处单位罚款数额5%-10%的罚款；情节严重的，取消其一至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告。
     
   • 合同效力：根据《民法典》第一百五十三条，违规中标签订的合同可能因违反法律强制性规定被认定无效。但若工程已完工且质量合格，法院可能参照合同约定折价补偿（即按实际完成工程量支付工程款）。
     
   • 信用惩戒：施工企业可能被列入“黑名单”，影响后续投标资格及企业信誉。

3. 若招标人存在过错（如主动泄露标底）
   若招标人违规提供标底或与施工企业串通，则招标人需承担行政责任（如罚款、对直接责任人员处分），且中标结果无效。此时：

   • 工程款支付：若工程已完工，招标人仍需支付工程款，但可主张扣除因违规导致的额外成本（如重新招标费用）。
     
   • 共同责任：若招标人与施工企业构成共同违法，可能面临联合处罚，其他投标人可要求两者连带赔偿损失。

处理建议：

• 招标人：立即向行政监督部门举报，固定证据（如投标文件、沟通记录），评估是否需解除合同或主张赔偿。
  
• 施工企业：若已完工，可主动与招标人协商结算，避免行政处罚扩大；若被调查，需配合并提供合法施工证据（如材料采购、分包合同），争取从轻处理。
  
• 其他投标人：若因违规中标受损，可收集证据（如投标费用凭证、预期利润计算）向法院起诉，要求赔偿。

关键点：违规中标的法律后果需结合行为性质、工程状态及各方过错综合判定，建议根据具体情形采取针对性措施。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。