土石方工程是否可由建设单位单独发包，需根据项目的具体情况、相关法律法规以及招标文件或合同的约定进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以单独发包的情形
非必须招标项目：
- 对于不属于大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，且未达到规定规模标准的，建设单位有权自主决定发包方式。在此情况下，若土方工程不属于主体结构工程，且单独发包不违反法律、法规及项目招投标文件的相关约定，建设单位可以将土石方工程单独发包给具备相应资质的施工单位。例如，在小型私人自建项目中，建设单位可自主选择将土石方工程单独发包。
特殊专业工程：
- 若土石方工程涉及特殊专业技术要求，并在项目中具有相对独立性，如复杂地质条件下的深基坑开挖，建设单位可将其单独发包给具有专业资质和经验的施工单位。这种情况下，单独发包有利于保证工程质量和施工效率。
合同允许：
- 如果工程项目合同中明确允许土石方工程可以单独发包，并且这种发包方式不会损害工程质量、安全等核心利益，那么单独发包也是合法的。
二、不可以单独发包的情形
必须进行招标的总承包项目：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及《必须招标的工程项目规定》，对于大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，以及使用国有资金或国家融资的项目，若要求采用总承包模式，则土石方工程不得单独发包。这是为了维护项目的整体性和连贯性，确保工程质量和安全。
肢解发包：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第二十四条，禁止将建筑工程肢解发包。若建设单位故意拆分原本应包含在整体工程中的土石方工程以规避招标或其他监管要求，则属于肢解发包行为，是违法的。这种行为不仅违反了法律法规，还可能对工程质量、安全等造成不利影响。
三、实际操作建议
严格遵守相关法律法规：
- 在决定单独发包土石方工程前，建设单位应仔细研究相关法律法规，确保发包行为的合法性。特别是对于必须进行招标的项目，应严格按照法定程序进行招标选择承包单位。
分析土石方工程与其他工程部分的关联性和影响：
- 建设单位应分析土石方工程与其他工程部分的关联性和影响，避免对项目整体进度、质量和成本造成不利影响。如果土石方工程与其他工程部分紧密相关，单独发包可能会导致协调困难、工期延误等问题。
咨询专业法律人士：
- 在实际操作中，建设单位可以咨询专业法律人士，获取专业意见，确保发包行为的合规性，并降低后续可能出现的纠纷和风险。
综上所述，土石方工程是否可由建设单位单独发包需根据项目的具体情况、相关法律法规以及招标文件或合同的约定进行综合判断。在确保合法合规且不影响项目整体性的前提下，建设单位可根据实际需求选择适当的发包方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。