桩基工程甲方在特定条件下可以单独发包，但必须严格遵守相关法律法规，确保发包行为的合法性和合规性。以下是对这一问题的详细分析：
一、可以单独发包的情况
法律法规允许：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，桩基工程作为专业工程，在符合法定条件时是可以单独发包的。这通常适用于建设项目规模较大、技术复杂，且单独发包有利于提高工程质量和施工效率的情况。例如，当桩基工程需要特殊的技术或设备，而总承包单位不具备这些条件时，甲方可以考虑单独发包。
总承包单位不具备相应资质：
- 若总承包单位不具备桩基工程施工的专业资质，建设单位（甲方）可将桩基工程单独发包给具有地基基础工程专业资质的承包单位。这是为了确保工程质量和安全，避免因资质不符而导致的施工问题。
特殊专业工程技术要求：
- 若桩基工程技术复杂、专业性强，对施工单位的技术和设备有特殊要求，且总承包单位难以实施，经建设单位同意并按规定履行相关手续后，可单独发包。例如，海上风电项目的桩基工程，因需要特殊的海上施工设备和专业技术，通常可由专业的海上基础施工企业单独承担。
获得主管部门批准：
- 对于某些重点基础设施项目或具有特殊建设需求和技术要求的项目，若经主管部门审批通过，允许对桩基工程等专业工程进行单独发包，则甲方可按照批准的方案进行操作。
二、不可以单独发包的情况及违规后果
应当依法招标而未招标：
- 对于大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目，以及使用国有资金投资、国家融资或国际组织、外国政府贷款、援助资金的项目，若达到法定招标规模标准，必须进行招标。若桩基工程属于此类项目且未依法招标，则甲方单独发包的行为违法，可能面临合同无效、法律责任及工程质量风险等多重后果。
肢解发包：
- 《建筑法》明确禁止将应当由一个承包单位完成的建筑工程肢解成若干部分发包给几个承包单位。若甲方为规避招标或其他监管要求，将桩基工程单独切分出来发包，且无合理依据，则构成肢解发包，是法律所禁止的。此行为不仅可能导致合同无效，还可能引发罚款、赔偿损失等法律责任。
承包单位不具备资质：
- 若甲方将桩基工程发包给不具备相应资质等级的单位，则该发包行为无效。承包合同将被认定为无效合同，且可能给工程质量带来严重隐患。甲方可能因此面临行政处罚和民事赔偿责任。
三、合法分包与单独发包的区别及建议
- 合法分包：建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程分包给具有相应资质条件的分包单位，但必须满足分包取得发包人同意、分包只能是一次分包、分包单位是具备相应资质条件的单位等条件。
- 单独发包：与合法分包不同，单独发包是甲方直接将桩基工程发包给专业承包单位，无需通过总承包单位。但同样需要遵守相关法律法规和合同条款的约定。
建议：
- 在决定桩基工程是否单独发包前，甲方应全面评估法律法规、合同条款、项目实际情况及当地规定，确保发包行为的合法性和合规性。
- 甲方应与总承包单位、监理单位等相关方进行充分沟通，确保工程项目的顺利进行和各方利益的平衡。
- 若对发包方式存在疑问或不确定，甲方应及时咨询专业律师或相关机构，获取针对性的法律意见和实操指导。
综上所述，桩基工程甲方在决定是否能单独发包时，应充分考虑法律法规的约束和项目的实际情况。在确保合法合规的前提下，可选择适当的发包方式，以确保工程质量和进度，并降低法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。