关于桩基础工程甲方直接发包是否合法的问题，需分情况讨论，具体如下：

1. 若总承包合同中有明确约定
   若总承包合同中已明确约定甲方可以将桩基础工程进行直接分包，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则这种分包行为是合法的。这种情况下，甲方有权依据合同条款进行直接发包。

2. 若总承包合同中无明确约定，但取得总承包单位书面同意
   即使总承包合同中没有明确约定甲方可以直接分包桩基础工程，但根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，甲方在取得总承包单位的书面同意后，也可进行桩基础工程的直接分包。不过，总承包单位对施工现场的安全生产负总责，并对分包工程的质量承担连带责任。

3. 若桩基础工程符合单独发包条件
   当桩基础工程技术复杂、专业性强，且符合当地建设行政主管部门规定的可以单独发包的条件时，甲方有权将其直接分包给具有相应资质的专业承包单位。这种情况下，直接发包是合法的，但需确保分包单位具备相应的专业承包资质。

4. 若构成肢解发包，则直接发包不合法
   甲方不得将原本应由一个承包单位完成的建设工程中的桩基础工程强行拆分出来直接发包，以规避总承包责任。这种行为构成肢解发包，属于违法行为，不仅违反了法律法规的强制性规定，还可能对工程质量造成严重影响。

5. 分包单位资质要求
   无论何种情况下，甲方直接分包桩基础工程时，必须确保分包单位具备相应的专业承包资质。否则，分包行为无效，且甲方可能面临行政处罚。

法律后果与风险提示：

• 法律责任：若甲方直接发包桩基础工程的行为违反了法律法规或合同条款，可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。同时，若因分包单位资质不符或施工质量问题导致工程事故，甲方还需承担相应的民事赔偿责任。
• 合同风险：若总承包合同中明确禁止甲方将桩基础工程另行分包，或规定必须由总承包单位自行完成，则甲方直接分包的行为构成违约，需承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
• 管理风险：直接发包桩基础工程可能增加甲方的管理难度和协调成本，需投入更多精力和资源来确保工程质量和进度。

建议：

• 在决定桩基础工程是否由甲方直接发包前，应全面评估法律法规、合同条款、项目实际情况及当地规定，确保分包行为的合法性和合规性。
• 与总承包单位、监理单位等相关方进行充分沟通，确保工程项目的顺利进行和各方利益的平衡。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供针对性的法律意见和实操指导。