当用人单位以“不能胜任工作”为由辞退员工时，其赔偿方式和标准确实是一个需要细致探讨的问题。以下是我根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关律师见解，为您整理的详细解答：

一、合法辞退与赔偿

首先，要明确的是，如果用人单位以“不能胜任工作”为由合法辞退员工，那么其赔偿方式主要遵循以下规定：

1. 前提条件：员工确实存在不能胜任工作的情况，且用人单位有充分证据予以证明，如明确的岗位职责要求、客观的绩效考核记录等。

2. 程序要求：在辞退前，用人单位已对员工进行了培训或调整了工作岗位，且经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作。用人单位需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。

3. 通知与支付：用人单位可以选择提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资（即“代通知金”）后，解除劳动合同。在这种情况下，用人单位需向员工支付经济补偿金，但无需支付额外的经济赔偿。

二、经济补偿金的标准

经济补偿金的具体标准如下：

• 按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
• 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
• 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
• 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

三、违法辞退与赔偿

如果用人单位的辞退行为被认定为违法，那么其赔偿方式将有所不同：

1. 违法辞退情形：包括未按照法律规定的程序进行操作（如未对员工进行培训或调岗）、未提前通知也未额外支付工资、无法提供有效证据证明员工不能胜任工作等。

2. 赔偿责任：在违法辞退的情况下，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。即每满一年支付两个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。

四、赔偿方式与注意事项

1. 赔偿方式：用人单位和劳动者可以就赔偿事宜进行协商，达成一致意见后签订协议。如果协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付经济补偿金和/或代通知金。对仲裁裁决不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。

2. 注意事项：

   • 劳动者在处理此类纠纷时，应注意收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、培训记录等，以证明自己的权益。
   • 劳动者应了解并遵循相关的法律程序，确保自己的诉求得到合法有效的支持。
   • 用人单位在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。

综上所述，当用人单位以“不能胜任工作”为由辞退员工时，其赔偿方式和标准取决于辞退行为的合法性。合法辞退需支付经济补偿金，而违法辞退则需支付双倍的经济补偿金作为赔偿。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。