针对您提出的“赠与公证书因违法被司法局撤销后其该协议还有效吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确赠与公证书的法律效力。赠与公证书是公证机构根据赠与人的申请，依法对其赠与行为进行证明的法律文件。它具有较高的法律效力，通常被视为赠与行为真实、合法的有效证据。然而，当赠与公证书因违法被司法局撤销时，这意味着该公证书所证明的赠与行为在法律上被认定为无效或存在违法情形。

接下来，我们分析赠与协议本身的法律效力。赠与协议是赠与人与受赠人之间就赠与财产达成的合意，是双方真实意思的表示。根据《民法典》的相关规定，赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。这意味着，赠与协议本身在双方达成合意并符合法律规定的条件下是具有法律效力的。

然而，当赠与公证书被撤销时，我们需要考虑这一撤销行为对赠与协议的影响。由于赠与公证书是证明赠与行为真实、合法的重要证据，其被撤销可能意味着赠与行为本身存在违法或无效的情形。在这种情况下，赠与协议的法律效力可能会受到质疑。

具体来说，如果赠与公证书被撤销是因为赠与行为本身违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么根据《民法典》的相关规定，该赠与行为将被认定为无效。此时，赠与协议也将失去法律效力，因为协议的基础——赠与行为本身已经无效。

另一方面，如果赠与公证书被撤销是因为公证程序存在瑕疵或错误，而赠与行为本身并不违法或无效，那么赠与协议的法律效力可能不受影响。但这种情况下，受赠人可能需要通过其他证据来证明赠与行为的真实性和合法性。

综上所述，赠与公证书因违法被司法局撤销后，赠与协议的法律效力取决于赠与行为本身是否违法或无效。如果赠与行为本身违法或无效，那么赠与协议也将失去法律效力；如果赠与行为本身并不违法或无效，但公证程序存在瑕疵或错误，那么赠与协议的法律效力可能不受影响，但受赠人需要提供其他证据来证明赠与行为的真实性和合法性。

因此，在具体情况下，建议您咨询专业律师或法律机构，以便更准确地判断赠与协议的法律效力，并采取相应的法律措施。