关于公司罚款1000元是否合法的问题，这需要结合具体的法律法规和实际情况来综合分析。
首先，核心结论是：在大多数情况下，公司直接对员工罚款1000元是不合法的。企业并不具备直接罚款的权力，而应通过合法途径来管理员工行为。
接下来，我们详细分析法律依据：
《工资支付暂行规定》：
- 这条规定明确指出，用人单位不得无故克扣劳动者工资。除非有法定的代扣代缴情形，或者因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失，且赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，同时扣除后不得低于当地月最低工资标准。
《中华人民共和国行政处罚法》：
- 罚款等行政处罚措施应由法律规定的行政机关实施。用人单位作为非行政执法机关，并不具备直接对员工进行罚款的权力。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法并未赋予企业直接罚款的权力。用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过民主程序讨论并公示，内容需合法、合理。
然后，我们考虑特殊情况下的合法性：
- 如果公司有明确的规章制度，且该规章制度是通过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论），并向劳动者进行了公示或告知，内容不违反法律法规的强制性规定。在此情况下，如果员工违反了规章制度中的相关条款，公司可按规定进行一定的经济处罚，但罚款金额应合理，并且需要确保不违反《工资支付暂行规定》中关于扣除工资的限制。
- 另外，如果因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的金额和方式应依法确定，并确保每月扣除的部分不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
最后，给出实际应用指导：
- 企业管理建议：企业应通过设立有效的绩效考核制度、全勤奖、纪律处分等方式来规范员工行为，而非直接采取罚款措施。这样既能维护企业的正常运营秩序，又能保障员工的合法权益。
- 员工权益保护：员工在面对公司不合理的罚款时，有权向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。员工应了解自己的权利和义务，并在必要时积极维护自己的权益。
综上所述，公司直接罚款1000元在大多数情况下是不合法的。企业应遵守相关法律法规，通过合法途径管理员工行为，并确保员工权益得到妥善保护。