员工偷盗，公司不能直接扣工资，但可以依法追究员工的法律责任并进行内部处理。以下从不同角度为你详细分析：
法律规定层面
不得克扣工资：
- 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。仅在以下法定情形下可代扣工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。员工偷盗行为并不属于这些情形。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条也明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。《劳动保障监察条例》第二十六条规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
解除劳动合同与赔偿：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工严重违反公司规章制度时，公司有权解除劳动合同。
- 员工因偷盗行为给公司造成经济损失的，公司有权要求其承担民事赔偿责任。
公司正确处理方式
依据劳动规章制度处理：
- 如果公司的劳动规章制度已将员工偷盗行为规定为严重违纪，并且该规章制度经过民主程序制定且已向员工公示，公司可以依据此规章制度对员工进行处罚，包括警告、解除劳动合同等，但不能直接从工资中扣除款项。
报警与追究法律责任：
- 若员工偷盗行为构成盗窃罪（即盗窃金额较大或存在多次盗窃等情形），公司应及时报警，由公安机关依法进行刑事立案，并追究其刑事责任。
- 即使不构成犯罪，但违反了治安管理，公司同样可以报警，由公安机关给予员工治安处罚。
要求民事赔偿：
- 对于员工偷盗行为给公司造成的经济损失，公司可以要求员工进行赔偿。赔偿金额和方式应首先通过协商确定；若协商不成，公司可以通过合法的民事途径，如向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起民事诉讼，来要求员工赔偿损失。在判决或裁定后，赔偿款可以从员工的工资中扣除，但扣除后的工资不得低于当地的最低工资标准。
实际案例参考
假设某公司员工小张偷盗了公司价值5000元的财物，公司发现后：
- 不能直接扣工资：公司不能直接从小张的工资中扣除5000元作为赔偿。
- 可以解除劳动合同：如果公司规章制度中明确规定了偷盗行为属于严重违纪，公司可以解除与小张的劳动合同。
- 可以报警并要求赔偿：公司可以报警，由公安机关依法处理小张的偷盗行为。同时，公司可以要求小张赔偿因偷盗行为给公司造成的经济损失。如果小张拒绝赔偿，公司可以通过劳动争议仲裁或民事诉讼等途径来维护自己的权益。
总结与建议：面对员工偷盗行为，公司不能擅自扣减员工工资作为惩罚。而应遵循合法程序，通过依据劳动规章制度处理、报警追究法律责任以及要求民事赔偿等方式来维护自身的合法权益。如果你在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。