若企业未对综合工时制进行报备，可能面临劳动行政处罚、加班工资支付争议及劳动仲裁或诉讼风险。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动行政处罚风险
   根据《劳动法》及相关规定，企业实行综合计算工时工作制需经劳动行政部门批准。若未履行报备程序，劳动行政部门可依据《劳动保障监察条例》责令限期改正；逾期未改正的，可能面临罚款等行政处罚。例如，部分地区规定对违规企业处以2000元以上2万元以下罚款，具体标准需结合地方性法规确定。

2. 加班工资支付争议
   未报备的综合工时制可能被认定为无效，企业需按标准工时制计算加班工资。例如：

• 工作日延长工时：按不低于工资150%支付；
  
• 休息日工作：按不低于工资200%支付（无法安排补休时）；
  
• 法定节假日工作：按不低于工资300%支付。
  若企业未按此标准支付，劳动者可主张补发差额及经济补偿。

1. 劳动仲裁或诉讼风险
   劳动者可能以企业未报备综合工时制为由，主张：
   

• 双方劳动关系中存在违法用工情形；
  
• 要求企业支付未签劳动合同双倍工资（若未签订书面合同）；
  
• 主张违法解除劳动合同赔偿金（若企业以此为由辞退员工）。
  仲裁机构或法院可能因企业未履行法定程序，倾向于支持劳动者诉求。

建议企业采取以下措施规避风险：

1. 提前向当地劳动行政部门提交综合工时制申请，明确适用岗位、周期及计算方式；
   
2. 在劳动合同中明确约定工时制度，并保留员工签字确认的书面文件；
   
3. 定期核查工时使用情况，确保加班时长未超过综合计算周期内的法定上限；
   
4. 遇劳动行政部门检查时，主动提供报备材料及工时记录备查。
   

若您已遇到相关纠纷，可进一步说明具体情况（如企业所在地、是否已收到劳动部门整改通知等），我将为您分析具体应对方案。