综合工时制确实需要备案。以下是对这一问题的详细解答：
一、备案的法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四章第三十九条以及《国务院关于职工工作时间的规定》第五条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，这包括综合计算工时工作制。此外，《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》也明确规定了综合计算工时工作制需要经过审批。
二、备案的条件与流程
备案条件：
- 用人单位因生产经营特点不能实行每日工作不超过8小时、平均每周工作不超过40小时的标准工时制度。
- 符合特定行业或岗位特点，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊需连续作业的劳动者，或地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分劳动者等。
备案流程：
- 准备申请材料：包括企业法人营业执照、组织机构代码证复印件，岗位申报表及岗位说明，工会或职工代表大会意见，劳动合同备案复印件，以及人社部门认为需要提供的其他材料。
- 提交申请：将准备好的申请材料提交至当地人力资源和社会保障局劳动关系科或相关审批部门。
- 材料审查与现场勘察：审批部门对申请材料进行审查，必要时会派工作人员到申请单位对生产现场的劳动环境和职工劳动强度进行勘察，并与工会代表或随机抽取职工代表进行座谈。
- 综合评估与批复：在充分听取职工代表和工会意见的基础上，审批部门对企业综合计算工时工作制的实施方案进行综合评估分析。经审查符合条件的，办理批复；不符合条件的，不予审批，并告知理由。
三、备案后的管理与监督
- 公示制度：对实行综合计算工时工作制的职工，公司应予公示，确保职工了解并同意该工作制度。
- 定期审批：综合计算工时工作制通常有一定的时限，如一年，到期后需视企业具体情况重新审批。
- 监督与检查：劳动行政部门会对实行综合计算工时工作制的企业进行监督与检查，确保企业依法执行该工作制度，保障职工的合法权益。
四、实际案例
以广西万力机电设备有限公司为例，该公司于2026年6月30日提出的关于企业实行综合计算工时工作制的审批申请，经审查符合相关规定后，获得了审批部门的许可。这表明，综合计算工时工作制确实需要经过备案审批程序。
综上所述，综合工时制需要备案，且备案过程需遵循一定的条件与流程。企业应依法申请备案，并接受劳动行政部门的监督与检查，以确保职工的合法权益得到保障。