针对您提出的“员工休假超过规定时间，工资怎么发”的问题，这确实是一个涉及多种情形和法律法规的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确员工休假超过规定时间的性质与原因，因为不同的休假类型，其工资发放的规定也是不同的。

1. 法定节假日休假：

   • 在元旦、春节、清明节、劳动节、端午节、中秋节和国庆节等法定节假日期间，即使员工休假超过通常的假期天数（但这里通常指的是法定假期本身，若指额外休假则需看具体规定），只要这些休假是法定的，用人单位就应依法支付劳动者工资，且工资应按照正常出勤标准发放。

2. 年休假：

   • 员工连续工作1年以上，有权享受带薪年休假。若员工休假超过其应享的年休假天数，且未获得单位批准，则可能构成旷工，此时单位有权根据规章制度处理，包括可能不支付超出天数的工资或进行其他处罚。
   • 若员工休假未超过应享年休假天数，或超出部分已获得单位批准（如调休、补休等），则单位需按正常工作期间的标准支付工资。

3. 病假：

   • 员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业应支付病假工资或疾病救济费。若员工休假超过医疗期，且未获得单位批准继续休假，则单位可能不再支付工资，并有权根据规章制度处理。
   • 病假工资可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。

4. 其他特殊休假（如婚丧假、产假、陪产假等）：

   • 这些休假类型通常有明确的法律规定天数，若员工休假未超过法定天数，单位应按正常出勤标准支付工资。
   • 若休假超过法定天数且未获得单位批准，则可能构成旷工，单位有权根据规章制度处理。

5. 停工停产期间：

   • 若因用人单位原因造成停工、停产或歇业，且员工休假超过一个工资支付周期，若员工提供了正常劳动，则支付的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若未提供正常劳动，应按国家有关规定办理，可能包括支付生活费或其他形式的补偿。

总结与建议：

• 在处理员工休假超过规定时间的工资问题时，用人单位应首先明确休假的性质与原因，然后依据相关法律法规和劳动合同的约定来确定具体的支付方式。
• 对于超出法定或约定休假天数的部分，用人单位应与员工进行沟通，了解原因并协商解决方案。若员工无正当理由超出休假天数，单位有权根据规章制度进行处理。
• 建议用人单位建立完善的工资支付制度和休假管理制度，确保在各种情况下都能依法合规地支付员工工资，并维护员工的合法权益和企业的稳定发展。
• 在实际操作中，如有疑问或争议，建议及时咨询专业法律人士或劳动监察部门以获取准确的指导和帮助。