综合工时制下周六日加班按1.5倍支付工资是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 总工作时间未超法定标准
   在综合工时制下，若劳动者在一个综合计算周期（如周、月、季、年）内的总工作时间未超过法定标准工作时间（如每日8小时、每周40小时），则周六日工作不视为加班，用人单位无需支付加班费。此时，即使周六日安排工作，也属于正常工作时间范畴，1.5倍工资支付标准不适用。

2. 总工作时间超过法定标准
   若劳动者在综合计算周期内的总工作时间超过了法定标准，则超出的部分应视为延长工作时间。根据《劳动法》第四十四条第一项，用人单位需按照不低于工资的150%（即1.5倍）的标准支付加班费。此时，周六日加班按1.5倍支付工资是合法的。

3. 法定节假日的特殊规定
   无论是否实行综合工时制，法定节假日（如春节、国庆等）安排工作的，用人单位必须按照不低于工资的300%的标准支付加班费。这一规定优先于综合工时制的计算规则，需特别注意。

4. 劳动合同的特殊约定
   若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定周六上班属于正常工作时间（如实行“大小周”制度且已依法报备），且该约定不违反法律法规的强制性规定，则用人单位无需支付周六的加班费。但此类约定需满足两个条件：

   • 已依法向劳动行政部门报备综合工时制；
     
   • 劳动合同中的约定不损害劳动者合法权益（如总工作时间未超标）。

法律建议：

• 对劳动者：若发现用人单位在综合工时制下未依法支付加班费，可先与单位协商；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对用人单位：应严格核算劳动者的综合工作时间，避免超标；若需安排周六日工作，优先通过补休或依法支付加班费的方式保障劳动者权益。

示例说明：
假设某企业实行以月为周期的综合工时制，法定标准工作时间为166.64小时（20.83天×8小时）。若劳动者当月实际工作180小时，则超出13.36小时，这13.36小时应按1.5倍支付加班费；若当月实际工作160小时，则未超标，周六日工作无需支付加班费。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况详细解答。