当您在公司工作了三年，合同到期后公司决定不予续签时，您可以根据以下步骤来保护自己的合法权益：
一、了解公司不续签的原因
首先，您需要明确公司不续签合同的具体原因。根据《劳动合同法》，公司因生产经营困难、裁员或合同任务完成等合法原因可以决定不续签。但如果公司是因为您处于怀孕、哺乳期、工伤治疗期等法定不得解除或终止劳动合同的情形而拒绝续签，那么公司的行为就是违法的。
二、与公司进行协商
- 主动沟通：我建议您首先主动与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解不续签的具体原因，并表达您希望继续留在公司的意愿。
- 尝试续签：如果公司愿意考虑续签，您可以与公司协商续签的条件，如薪资、职位、工作地点等。如果公司维持或提高劳动条件，而您不同意续签，那么公司无需支付经济补偿。
三、要求经济补偿
如果公司决定不续签，并且不存在维持或提高劳动条件的情况，或者公司降低了劳动条件导致您不愿续签，那么您有权要求公司支付经济补偿。
- 补偿标准：根据《劳动合同法》的规定，经济补偿按您在本公司工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向您支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指您劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
四、通过法律途径维权
如果与公司协商无果，且公司拒绝支付经济补偿，您可以通过以下法律途径来维护自己的权益：
申请劳动仲裁：
- 收集证据：包括劳动合同、工资条、工作证、公司不续签的书面通知或聊天记录等，这些证据将有助于您在仲裁过程中证明自己的权益。
- 提出仲裁：在劳动争议发生后一年内，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付经济补偿。
提起诉讼：
- 如果您对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
五、注意事项
- 及时办理离职手续：无论是否续签合同，您都应及时办理离职手续，包括工作交接、离职证明、结清工资、办理社保及公积金减员等，以确保自己的权益不受损害。
- 保留相关证据：在整个过程中，您应妥善保留所有与劳动合同到期、公司不续签及协商过程相关的证据，以备不时之需。
- 遵守法定程序：无论是协商、仲裁还是诉讼，您都应严格遵守法定程序和时间要求，确保自己的权益得到有效保护。
希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业的劳动法律人士。