结论：该行为是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，主要从是否符合法定程序、是否超出合理收费范围、是否违反合同约定等角度分析。具体如下：

1. 从法定程序角度
   • 合法情形：如果村里进行彩绘收费并要求办证是基于当地政府依据相关法律法规，如《城乡规划法》《土地管理法》等制定的地方性政策或规定，且该政策或规定经过了合法的制定程序，包括公开征求意见、合法性审查、集体讨论决定等环节，同时收费项目和标准也经过了物价等部门的审批或备案，那么这种收费办证行为是合法的。例如，当地政府为了规范农村建设，提升村庄整体风貌，出台政策要求对符合一定条件的房屋进行彩绘美化，并收取合理的成本费用用于彩绘材料、人工等支出，同时办理相关证件以确认房屋符合新的建设标准，这种情况下是合法的。
   • 违法情形：若村里自行决定进行彩绘收费办证，没有上级政府的政策依据，或者收费项目和标准没有经过合法审批，那么这种行为就缺乏合法性基础，属于违规收费。比如村里未经任何审批，擅自决定对所有房屋收取高额彩绘费用并要求办证，这就侵犯了村民的合法权益。
2. 从合理收费范围角度
   • 合法情形：收费金额在合理范围内，与实际成本相符。如果彩绘收费是基于实际的材料、人工等成本，并且经过合理的核算，收费标准能够让村民接受，同时办证也是为了更好地管理农村建设，保障村民的居住安全和村庄的整体规划，那么这种收费办证行为是合理的合法的。例如，经过专业评估，每平方米彩绘成本为 20 元，村里按照这个标准收取费用，并且明确告知村民费用的用途和办证的好处，这种情况下村民一般应当配合。
   • 违法情形：收费明显超出合理范围，存在乱收费嫌疑。如果村里收取的彩绘费用远远高于实际成本，且无法提供合理的收费依据，那么这种行为就可能构成乱收费，是不合法的。比如实际成本每平方米只需 10 元，村里却收取 50 元，这种高额收费就缺乏合理性。
3. 从合同约定角度
   • 合法情形：如果村民在建设房屋时与村里签订了相关协议，协议中明确约定了在一定条件下需要进行彩绘并办理相关证件，同时约定了收费标准和方式，那么村里按照协议约定进行收费办证是合法的。例如，协议中规定当村庄进行整体规划改造时，村民需要配合对房屋进行彩绘美化并办理证件，费用按照一定比例分担，这种情况下村里依据协议收费办证是合理的。
   • 违法情形：若没有相关协议约定，村里突然要求收费办证，且村民不同意，那么村里不能强行收费办证。比如村民建设房屋时没有任何关于彩绘收费办证的约定，村里事后单方面要求村民缴费办证，这就侵犯了村民的自主选择权。

建议：如果村民对村里的彩绘收费办证行为存在疑问，可以先要求村里出示相关的政策文件、收费依据和审批手续等材料，了解收费的合法性和合理性。如果认为村里行为不合法或不合理，可以向当地的乡镇政府、物价部门、国土部门等相关单位反映情况，寻求帮助和解决。