农村办理房产证收取费用是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 合法情形：收取法定工本费
   根据《不动产登记暂行条例》及地方实施细则，农村房产证（即《不动产权证书》）办理过程中，登记机构可收取证书工本费，标准通常为10元/本（部分地区对首本免费）。此费用属于行政事业性收费，由财政部门统一监管，收费项目和标准需在政务服务窗口公示。若当地仅收取此项费用且符合标准，则属于合法行为。

2. 违法情形：额外收费或超标准收费
   若办理过程中存在以下情况，则涉嫌违法：

   • 强制收取“测绘费”“登记服务费”等非法定费用：不动产登记机构不得自行设立收费项目，测绘费用应由申请人自愿委托第三方机构承担，登记机构不得强制要求。
     
   • 超标准收取工本费：如单本证书收费超过10元（部分地区对共有人证书可能收取增量费用，但需有明确依据）。
     
   • 以“加快办理”“关系费”等名义索取财物：此类行为可能涉及贪污受贿，可直接向纪检监察部门举报。

3. 特殊情形：历史遗留问题处理
   部分农村地区因历史原因未办理房产证，现集中补办时，地方政府可能出台临时政策（如减免费用、简化流程）。此类政策需以县级以上政府正式文件为准，若文件明确免费或优惠，则按政策执行；若未出台政策，仍应按法定标准收费。

建议行动：

• 办理前向当地不动产登记中心索取《收费项目清单》，核对收费项目及标准；
  
• 若发现违规收费，可要求工作人员出示收费依据文件，或向当地市场监管部门（12315）投诉；
  
• 涉及金额较大或存在权力寻租的，可保留证据向公安机关报案。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的政策细节。