结论：申请房产证时政府收取2000元以上的费用是否合法，不能一概而论，需根据具体费用性质、地区政策及法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 费用性质与合法性判断

• 合法费用：若政府收取的费用属于法定税费或行政事业性收费（如契税、印花税、登记费等），且符合当地物价部门核定的标准，则收取2000元以上可能是合法的。例如，某些地区因房产价值较高或涉及复杂登记流程，登记费可能超过2000元。
• 非法费用：若费用属于乱收费、重复收费或超出法定标准（如以“加急费”“服务费”等名义收取额外费用），则属于违法行为。根据《中华人民共和国价格法》和《行政事业性收费标准管理办法》，政府收费需严格遵循“法定授权、事前公示、标准合理”原则，否则可向物价部门或纪检监察机关举报。

2. 地区政策差异

• 不同地区对房产证办理的收费标准存在差异。例如，一线城市因房价较高，契税、登记费等可能显著高于三四线城市。建议通过当地自然资源局（原国土局）官网或政务服务窗口查询具体收费标准，或要求工作人员出示收费依据文件。

3. 费用构成与计算

• 常见合法费用：
  • 契税：按房产交易价格的1%-3%征收（首套房可能享受优惠）。
  • 印花税：通常为合同金额的0.05%（部分地区已免征）。
  • 登记费：住宅类一般为80元/套，非住宅类可能更高。
  • 其他费用：如测绘费、档案利用费等，需以当地政策为准。
• 计算公式示例：
  若某房产交易价格为100万元，契税按1.5%计算，则契税为：
  $\(100万 \times 1.5\% = 1.5万元\)$
  若登记费为80元，则总费用可能超过2000元，但需确认其他费用是否合法。

4. 维权建议

• 核实收费依据：要求工作人员出示收费文件或政策依据，核对费用名称、标准及计算方式。
• 投诉渠道：若发现乱收费，可向当地物价部门（12358）、政务服务热线（12345）或纪检监察机关举报。
• 法律途径：保留缴费凭证，通过行政复议或行政诉讼主张权利。

5. 特殊情况提示

• 经济适用房/保障房：部分地区对这类房产的登记费有减免政策，需主动申请。
• 历史遗留问题：如房产涉及继承、赠与或拆迁安置，可能涉及额外税费，需提前咨询税务部门。

总结：申请房产证时，政府收费的合法性需结合费用性质、地区政策及具体金额综合判断。建议先通过官方渠道查询收费标准，再决定是否缴费。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供进一步法律分析。