结论前置：在办理不动产证时，是否收费以及收费的合法性，主要取决于具体的法律法规、政策以及合同条款。一般来说，办理不动产证本身可能涉及一些行政费用或税费，但这些费用的收取必须有明确的法律依据。同时，如果购房合同中对于办证费用有明确的约定，那么应当按照合同约定执行。
详细分析：
行政费用或税费：
- 在办理不动产证的过程中，可能会涉及一些行政费用，如登记费、工本费等，这些费用通常由相关部门根据法律法规进行收取，是合法的。
- 此外，根据税收政策，购房后可能还需要缴纳契税等税费，这些也是办理不动产证时需要考虑的费用。
合同条款的约定：
- 购房合同中通常会对于办证费用有明确的约定，包括由谁承担、具体金额或计算方式等。
- 如果合同中约定了由购房者承担办证费用，并且费用金额或计算方式合理，那么按照合同约定执行是合法的。
- 如果合同中没有约定或者约定不明确，那么双方可以协商确定费用承担方式，或者按照相关法律法规的规定执行。
合法性的判断：
- 判断办证费用是否合法，主要看其是否有明确的法律依据或合同依据。
- 如果费用收取没有法律依据或合同依据，或者费用金额明显不合理，那么这种收费就是不合法的。
法律建议：
- 在办理不动产证前，建议仔细阅读购房合同，了解其中关于办证费用的约定。
- 如果对费用收取有疑问，可以向相关部门咨询或查询相关法律法规。
- 如果认为费用收取不合法或不合理，可以与开发商或相关部门进行协商，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，办理不动产证时是否收费以及收费的合法性，需要根据具体情况来判断。如果有任何疑问或争议，建议咨询专业律师或相关部门以获取准确的法律意见。