结论前置：

1. 旷工三天自动离职扣三天工资通常不合法，除非公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并严格遵循法律规定的扣除限额。
2. 公司不能因旷工三天自动离职而扣除整月工资，这种做法明显违法，劳动者有权要求公司支付扣除的不合理部分工资。

详细分析：

一、旷工与工资扣除的法律规定

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但直接扣三天工资往往超出了法律规定的合理扣除范围。

二、公司规章制度与工资扣除

用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣三天工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。若规章制度未满足上述条件，或内容本身不合理（如高额克扣），则该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。

举例说明： 假设某公司规章制度规定旷工一天扣三天工资，但这一规定并未经过民主程序制定，也未向劳动者公示告知，那么该规定就是无效的。如果员工旷工一天，公司不能依据这一无效规定扣除员工三天的工资。

三、旷工三天自动离职与工资结算

“自动离职”并非法律术语，若规章制度中明确规定旷工三天为严重违反规章制度，用人单位可以解除劳动合同。但解除劳动合同时，用人单位必须一次性支付劳动者应得的工资，不得因旷工而拒绝支付已工作天数的工资。因此，公司不能因旷工三天自动离职而扣除整月工资。

四、劳动者的维权途径

若劳动者认为公司扣除工资的行为不合法，可以通过以下途径维权：

1. 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司支付扣除的不合理部分工资。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付工资及可能的赔偿。
3. 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

五、特殊情况处理

在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

总结与建议： 旷工三天自动离职扣三天工资或整月工资的做法通常是不合法的。公司在处理旷工及工资扣除问题时，应确保规章制度合法、合理，并严格按照法律规定执行。劳动者也应了解相关法律法规，以便在权益受到侵害时及时维权。如果你或你身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。