结论：公司“旷工一天扣三天工资”的规定，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与原则
- 《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。
- 《劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了用人单位支付工资的义务。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一规定限制了用人单位因劳动者原因造成经济损失时的扣罚范围。
二、旷工一天的工资扣除情况
- 合理对应措施：通常情况下，旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。
- 日工资计算：日工资的计算应遵循《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，即月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）。因此，旷工一天应扣除的工资应为日工资，而非三倍日工资。
三、企业规章制度的合法性
- 规章制度制定程序：企业的规章制度或劳动合同中虽然可以明确规定旷工的处理办法，但这些规定必须合法、合理，且经过合法的程序制定和公示。
- 合理性考量：即使规章制度中规定了“旷工一天扣三天工资”，这一规定也可能因过度惩罚而被视为不合理。因为旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了相当于三天工资的经济损失。
- 司法实践：在司法实践中，法院或劳动仲裁机构通常会根据规章制度的合理性、公平性以及是否违反法律法规来判定其效力。如果规章制度中的扣罚方式过于严厉，可能会被视为无效。
四、经济损失的赔偿与扣罚限制
- 经济损失赔偿：如果劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 扣罚限制：这意味着，即使劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位也不能随意设定高额罚款，而是需要遵循一定的扣罚限制。
五、综合建议与操作指南
- 协商与沟通：如果公司存在“旷工一天扣三天工资”的违法扣薪情况，劳动者首先应与公司进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
- 投诉与仲裁：若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 法律意识增强：无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。
示例说明：假设某员工的月工资为5000元，月计薪天数为21.75天，则日工资约为229.89元。如果该员工旷工一天，公司应扣除的工资应为229.89元，而非689.67元（即三倍日工资）。如果公司扣除了689.67元，则属于违法扣薪行为。
综上所述，公司“旷工一天扣三天工资”的规定在大多数情况下是不合法的。劳动者在遇到类似纠纷时，应积极维护自己的合法权益，必要时寻求法律帮助。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。