员工未离职但是申请仲裁，并不视为自动离职。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

1. 劳动仲裁的受理范围： 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，用人单位与劳动者之间因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同，以及辞职、离职等发生的争议，均属于劳动仲裁的受理范围。员工未离职但申请仲裁，通常是因为与用人单位在劳动关系、工资、福利、加班等方面存在争议，这完全符合劳动仲裁的受理条件。

2. 自动离职的法律定义： 自动离职通常指的是劳动者未经用人单位同意，擅自离开工作岗位的行为。这种行为在法律上并不等同于申请仲裁。申请仲裁是劳动者维护自身合法权益的一种法律手段，与自动离职没有直接联系。

实际操作角度

1. 申请仲裁的目的： 员工申请仲裁的目的通常是为了解决与用人单位之间的争议，如要求支付拖欠的工资、加班费、经济补偿等。这些争议的解决并不依赖于员工是否离职。即使员工未离职，也可以就存在的争议申请仲裁。

2. 仲裁过程中的劳动关系： 在仲裁过程中，员工的劳动关系仍然存在，除非仲裁裁决或法院判决解除了劳动关系。因此，员工未离职但申请仲裁，并不意味着其劳动关系已经终止或视为自动离职。

可能的法律后果

1. 仲裁裁决的影响： 如果仲裁裁决支持了员工的请求，用人单位需要按照裁决结果履行义务，如支付工资、加班费等。这并不会影响员工的劳动关系状态，除非裁决中明确解除了劳动关系。

2. 员工继续工作的权利： 即使员工申请了仲裁，只要其劳动关系仍然存在，就有权继续在用人单位工作。用人单位不得因员工申请仲裁而对其进行打击报复或解除劳动关系。

建议

1. 收集证据： 在申请仲裁前，员工应尽可能收集与争议相关的证据，如工资条、考勤记录、工作证等，以证明自己的主张。

2. 了解仲裁流程： 员工应了解劳动仲裁的流程和规定，以便更好地维护自己的权益。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。

3. 保持冷静和理性： 在仲裁过程中，员工应保持冷静和理性，避免与用人单位发生不必要的冲突。通过合法途径解决争议是维护自身权益的最佳方式。

综上所述，员工未离职但是申请仲裁，并不视为自动离职。员工应了解自己的法律权益和仲裁流程，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。