基础工资按工作日算，绩效工资按自然日算，这种计算方式本身并不直接违反法律规定，但关键在于是否符合劳动合同的约定以及是否保障了劳动者的合法权益。以下从不同角度为你详细分析：
一、工资计算方式的合法性基础
工资计算的一般原则：
- 在大多数采用月薪制的工作中，工资计算通常是以工作日为基础的。月计薪天数的计算公式为（365天 - 104天）÷ 12月 = 21.75天，其中104天为全年的休息日。这意味着，一个标准的月计薪天数为21.75天，用于核算日工资、小时工资等。
特殊情况下的工资计算：
- 在某些特定工作场景或雇佣约定下，工资可能会按自然日计算。例如，一些短期的临时工、兼职工作，雇主和劳动者可能明确约定按照自然日来计算报酬。此外，在计算员工的病假工资、带薪年假工资等情况时，也可能涉及自然日的计算规则。
二、基础工资与绩效工资的不同计算方式
基础工资按工作日计算：
- 这是较为常见的做法，符合月薪制下工资计算的一般原则。基础工资是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，按工作日计算可以确保劳动者在请假或未出勤时，工资能够相应扣减，体现了劳动与报酬的对等关系。
绩效工资按自然日计算：
- 绩效工资通常与劳动者的工作表现、业绩等挂钩。如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定绩效工资按自然日计算，且这种计算方式能够合理反映劳动者的工作表现和业绩，那么这种计算方式并不违反法律规定。但需要注意的是，绩效工资的计算方式应当公平、合理，且不得损害劳动者的合法权益。
三、法律保障与合同约定
法律法规的保障：
- 无论工资是按照工作日还是自然日计算，都应遵循《劳动法》等相关法律法规的规定，确保劳动者获得合理报酬的权益。例如，加班工资的计算、病假工资的支付等，都有明确的法律规定。
劳动合同的约定：
- 用人单位与劳动者最好在劳动合同或相关协议中明确工资计算方式、加班工资标准、绩效工资的考核与支付等关键条款。这有助于避免后续因工资计算而产生的纠纷，保障双方的合法权益。
四、可能存在的法律风险与建议
法律风险：
- 如果用人单位未与劳动者在劳动合同中明确约定工资计算方式，或者约定的计算方式违反法律法规的规定，那么劳动者有权要求用人单位按照法律法规的规定支付工资。此外，如果绩效工资的计算方式不合理或存在歧视性，也可能引发劳动争议。
建议：
- 用人单位在制定工资计算方式时，应充分考虑法律法规的规定和劳动者的合法权益，确保计算方式的公平、合理。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资计算方式、加班工资标准等关键条款，确保自己的权益得到保障。
- 如果遇到工资计算不合理或存在争议的情况，劳动者可以及时与用人单位沟通协商，或者向劳动监察部门投诉举报，依法维护自己的合法权益。
示例说明：
假设某员工的月基础工资为5000元，绩效工资为1000元。基础工资按工作日计算，绩效工资按自然日计算。如果该员工当月请假2个工作日，且按照自然日计算，该月有30天，其中工作日为22天（假设周末为8天），那么：
- 基础工资扣减：5000 ÷ 21.75 × 2 ≈ 459.77元（实际应发基础工资：5000 - 459.77 = 4540.23元）
- 绩效工资计算：1000 ÷ 30 × 30 = 1000元（因为绩效工资按自然日计算，且该员工当月出勤了所有自然日，所以绩效工资全额发放）
但需要注意的是，这种计算方式需要双方在劳动合同中明确约定，且不得违反法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。