基本工资从绩效中扣除是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
劳动合同明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放条件、考核标准以及扣除情形，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合这些条件时扣除绩效工资是合法的。例如，合同中约定“若员工月度绩效考核未达标，则从绩效工资中扣除相应比例”，若员工确实未达到考核标准，用人单位有权按此执行。
员工认可相关规章制度：
- 用人单位应依法制定并公示有关绩效工资考核和扣除的规章制度，员工应知晓并通过实际工作行为（如参与绩效考核流程）表示对该制度的认可。当员工绩效不达标或违反相关制度时，用人单位可按照既定制度合理扣除绩效工资。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使存在合同约定和制度依据，扣除绩效工资后的工资也不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活的保障，用人单位必须严格遵守。例如，若员工基本工资为2000元，绩效工资为1000元，扣除绩效工资后，员工实际收入不得低于当地最低工资标准。
不合法情形
无故扣除：
- 如果用人单位没有明确的绩效考核制度或未按照制度执行，而随意扣除员工的基本工资（包括绩效工资部分），则属于违法行为。例如，用人单位未进行绩效考核或考核结果不真实，却以绩效不达标为由扣除员工工资。
违反最低工资标准：
- 扣除绩效工资后，员工的实际收入不得低于当地最低工资标准。如果扣除后导致员工收入低于最低工资标准，则用人单位的行为违法。例如，当地最低工资标准为2200元，员工基本工资为2000元，绩效工资为1000元，若用人单位扣除全部绩效工资，则员工实际收入低于最低工资标准，构成违法。
未履行告知义务：
- 如果用人单位在扣除绩效工资前未向员工说明扣除原因和依据，或者未给予员工申辩的机会，则可能构成违法行为。例如，用人单位未提前告知员工绩效考核标准或扣除比例，却在发工资时直接扣除绩效工资。
法律建议
- 审查劳动合同和公司规章制度：劳动者应仔细审查劳动合同和公司规章制度中关于绩效工资的规定，确保自己的权益不受侵害。
- 保留证据：若劳动者认为用人单位扣除绩效工资的行为不合法，应保留相关证据，如工资条、绩效考核表、劳动合同等，以便在争议发生时维护自己的权益。
- 沟通协商：劳动者可首先与用人单位进行沟通协商，尝试解决争议。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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