结论：基本工资从绩效中扣除是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于劳动合同约定、公司规章制度是否合规以及扣除行为是否合理且符合法律法规。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
劳动合同明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放条件、考核标准以及扣除情形，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合这些条件时扣除绩效工资是合法的。例如，合同中可能约定，若员工未达到特定绩效标准，用人单位有权从基本工资中扣除一定比例的绩效工资。
公司规章制度合规且员工认可：
- 用人单位应依法制定并公示有关绩效工资考核和扣除的规章制度，且这些制度应经过民主程序制定，如通过职工代表大会讨论。员工应知晓并通过实际工作行为（如参与绩效考核流程）表示对该制度的认可。当员工绩效不达标或违反相关制度时，用人单位可按照既定制度合理扣除绩效工资。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使存在合同约定和制度依据，扣除绩效工资后的工资也不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活的保障，用人单位必须严格遵守。例如，若员工原本的基本工资加上绩效工资总和高于最低工资标准，但扣除绩效工资后低于该标准，则此扣除行为违法。
不合法情形
缺乏合同约定与制度依据：
- 若劳动合同中未约定绩效工资扣除条款，且用人单位未制定并公示相关规章制度，则擅自扣除基本工资（包括绩效工资部分）构成违法。例如，用人单位突然决定从员工基本工资中扣除绩效工资，但既无合同约定也无制度依据，此行为即违法。
不合理的考核与扣除：
- 绩效考核制度不合理、不公正、不透明，或考核指标模糊、主观随意性大，导致员工无法通过正常努力达到标准而被扣除绩效工资，此扣除行为可能违法。另外，扣除绩效工资的比例过高，明显损害劳动者权益，或与实际工作表现不符，也构成违法。
违反法律法规的其他情形：
- 如用人单位以欺诈、胁迫等手段迫使劳动者接受不合理的绩效工资扣除条款，或未按照法定程序进行绩效考核和扣除，导致程序违法，均构成违法行为。
应对措施与建议
- 沟通协商：若劳动者认为用人单位扣除绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求说明扣除理由并提供依据。
- 投诉举报：若协商无果，劳动者可向当地劳动行政部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
- 申请仲裁或诉讼：必要时，劳动者还可申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工与用人单位签订的劳动合同中明确约定，若员工未完成月度销售目标，用人单位有权从基本工资中扣除一定比例的绩效工资。同时，用人单位也制定了详细的绩效考核制度，并经过了民主程序制定和公示。若该员工某月未完成销售目标，用人单位按照合同和制度规定扣除了其部分基本工资，且扣除后的工资仍高于当地最低工资标准，则此扣除行为合法。反之，若用人单位无合同约定和制度依据，或扣除后的工资低于最低工资标准，则此扣除行为违法。
总之，基本工资从绩效中扣除是否合法，需综合考虑多种因素。劳动者在面临此类问题时，应仔细审查劳动合同和公司规章制度，并咨询专业律师（即我本人，倪冰律师，专注于婚姻家庭、房产纠纷、合同违约责任、法律顾问、社会保险、公司事务领域）以获取准确的法律意见。