结论：在综合工时制下，法定节假日不上班是不应该扣钱的。

详细解释与分析：

1. 综合工时制的定义与特点：

   • 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位在一定的周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 在这种制度下，劳动者的工作时间可能不是每天固定，而是根据生产需要灵活安排，但总的工作时间不能超过法定标准。

2. 法定节假日的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，法定节假日是劳动者依法享受的休息日，用人单位应当安排劳动者休假，并且不得因此扣减劳动者的工资。
   • 这意味着，无论劳动者实行的是何种工时制度（标准工时制、综合工时制或不定时工时制），在法定节假日不上班的情况下，用人单位都不应扣减其工资。

3. 综合工时制下法定节假日的工资支付：

   • 在综合工时制下，虽然劳动者的工作时间可能更加灵活，但法定节假日的休息和工资支付原则仍然适用。
   • 如果劳动者在法定节假日没有上班，用人单位应当按照其正常工资标准支付工资，不得扣减。
   • 如果劳动者在法定节假日加班，用人单位则应当按照法律规定支付加班费，通常是正常工资的三倍。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 用人单位在实行综合工时制时，应当确保劳动者的总工作时间不超过法定标准，并且合理安排劳动者的工作和休息时间。
   • 劳动者在法定节假日不上班时，如果用人单位试图扣减工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

建议与行动：

• 如果你作为劳动者在综合工时制下遇到法定节假日不上班被扣钱的情况，首先应当与用人单位沟通，明确告知其法律规定，并要求其按照法律规定支付工资。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。

总结：在综合工时制下，法定节假日是劳动者依法享受的休息日，用人单位不得因此扣减劳动者的工资。如果遇到此类问题，劳动者应当积极维护自己的权益，必要时寻求法律援助。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。