结论：在综合工时制下，劳动者在法定节假日即使未实际上班，用人单位也应当依法支付工资，不得扣减。该工资属于带薪休假范畴，与具体工时制度无直接关联。以下从不同角度详细分析：

一、法定节假日工资支付的法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”这一规定明确了法定节假日工资支付的强制性，不受工时制度（如标准工时制、综合工时制、不定时工时制）影响。因此，无论劳动者是否实际出勤，用人单位均需按劳动合同约定的工资标准支付法定节假日工资。

二、综合工时制的特点与法定节假日工资的关系

综合工时制允许用人单位在特定周期内（如周、月、季、年）灵活安排工作时间，但需满足以下条件：

1. 周期内总工时不超过法定标准（如月总工时不超过166.64小时）；
2. 劳动者平均日/周工作时间与标准工时制一致；
3. 法定节假日安排休息或支付加班工资。

关键点：综合工时制仅调整工作时间的分配方式，不改变法定节假日带薪休假的性质。因此，劳动者在法定节假日未上班时，用人单位仍需支付工资；若安排上班，则需支付300%的加班工资。

三、请假与法定节假日工资的区分

若劳动者在法定节假日主动请假（如申请调休或事假），需分情况讨论：

1. 法定节假日当天请假：
   法定节假日属于带薪休假，劳动者无权通过请假“抵消”该日工资。用人单位仍需支付全额工资，不得扣减。若劳动者未出勤且未履行请假手续，可能构成旷工，但工资仍需支付。

2. 法定节假日前后请假：
   若劳动者在法定节假日前后请假（如调休至节假日前后工作日），则请假期间的工资可能按事假处理（无薪），但不影响法定节假日本身的工资支付。例如：劳动者申请10月1日（国庆节）调休至9月30日，则9月30日可能无薪，但10月1日仍需支付工资。

四、用人单位未支付法定节假日工资的法律后果

若用人单位违反规定扣减法定节假日工资，劳动者可采取以下措施：

1. 与用人单位协商：要求补发工资并说明法律依据；
2. 向劳动监察部门投诉：由劳动行政部门责令限期支付；
3. 申请劳动仲裁：主张工资差额及可能的赔偿金（如用人单位恶意拖欠）。

五、实务建议

1. 劳动者：

   • 保留劳动合同、工资条、考勤记录等证据；
   • 法定节假日前后请假时，明确请假性质（调休/事假）并留存书面记录；
   • 若遇工资扣减，及时通过法律途径维权。

2. 用人单位：

   • 完善考勤与工资支付制度，明确法定节假日工资计算规则；
   • 避免将法定节假日与调休、事假混淆处理；
   • 安排法定节假日加班时，依法支付300%加班工资。

总结：综合工时制下，法定节假日工资支付不受工时制度影响，用人单位必须全额支付。若您遇到工资扣减问题，可直接向我咨询具体维权方案。