针对您提出的“员工因中暑长期治疗后经诊断不是职业病，单位后续怎么申请工伤认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、明确工伤认定的前提条件

首先，需要明确的是，在我国，中暑若要被认定为工伤，通常需要满足两个条件：一是中暑需发生在工作时间和工作岗位上，且因工作原因导致；二是中暑需被诊断为职业病。然而，在您所描述的情况中，员工中暑后经长期治疗并未被诊断为职业病，这确实给工伤认定带来了一定的难度。但即便如此，如果中暑是在工作时间和工作岗位上因工作原因导致的急性中暑（尽管后续治疗未确诊为职业病），理论上仍有可能被认定为工伤，这需要根据具体情况和当地社保部门的解释来确定。

二、申请工伤认定的流程

1. 准备申请材料：

   • 工伤认定申请表：详细填写事故发生的时间、地点、原因及职工伤害程度等。
   • 劳动关系证明：如劳动合同、工资发放记录、工作证等，以证明员工与单位之间存在劳动关系。
   • 医疗证明：尽管员工未被诊断为职业病，但仍需提供医疗机构出具的受伤后诊断证明书，说明中暑的情况及治疗过程。如果可能，可以请医生在诊断证明书中注明中暑与工作环境的关联性。

2. 确定申请人：

   • 工伤认定申请可以由用人单位、工伤职工或者其近亲属、工会组织提出。在您的情况下，建议由用人单位作为申请人提出。

3. 提交申请：

   • 用人单位应在员工被诊断（或疑似诊断）为中暑之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在一年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。

4. 等待审核与决定：

   • 社会保险行政部门将在收到申请后15日内对材料进行审核，并根据需要调查核实相关证据。
   • 审核通过后，社会保险行政部门将在60日内作出工伤认定的决定，并出具《认定工伤决定书》或《不予认定工伤决定书》。对于事实清楚、权利义务明确的申请，可能在15日内即作出决定。

三、特殊情况下的处理建议

1. 如果社保部门不予认定工伤：

   • 如果社会保险行政部门认为员工的中暑不符合工伤认定条件，并出具了《不予认定工伤决定书》，员工或用人单位可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身权益。

2. 加强与社保部门的沟通：

   • 在申请过程中，建议用人单位加强与社保部门的沟通，详细说明员工中暑的情况及与工作环境的关联性，争取社保部门的理解和支持。

3. 完善企业内部防暑降温措施：

   • 无论工伤认定结果如何，用人单位都应重视高温环境下的员工健康与安全，采取必要的防暑降温措施，如提供清凉饮料、调整工作时间、安装降温设备等，以减少中暑等职业病的发生。

四、总结与提示

• 尽管员工中暑后未被诊断为职业病，但仍有可能根据具体情况被认定为工伤。用人单位应积极准备申请材料，并按照规定的流程向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
• 在申请过程中，保持与社保部门的良好沟通至关重要。同时，用人单位也应加强内部防暑降温措施，保障员工的健康与安全。
• 如遇社保部门不予认定工伤的情况，员工或用人单位应依法行使自己的合法权益，通过行政复议或行政诉讼等途径维护自身权益。