结论：一般情况下，不能直接扣员工工资来抵偿其借款，但在特定条件下，如双方有明确约定且符合法律规定，可能可以采取一定措施。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同和工资支付的角度

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位无权随意扣减。
   • 如果员工借款后逃跑，这属于员工与用人单位之间的民间借贷纠纷，与工资支付是两个不同的法律关系。用人单位不能直接通过扣减工资的方式来抵偿借款，否则可能构成违法克扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣减的工资。

2. 从民间借贷和债务追偿的角度

   • 如果员工向用人单位借款，双方之间形成了民间借贷关系。当员工借款后逃跑，用人单位作为债权人，有权通过合法途径追偿债务。
   • 合法途径包括但不限于：与员工协商解决、向法院提起诉讼要求员工还款、在员工有财产的情况下申请财产保全等。但直接扣减工资并不属于合法途径之一。

3. 特定条件下的可能情况

   • 如果双方在借款时明确约定，当员工无法按时还款时，用人单位有权从其工资中扣减相应金额作为还款，且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如扣减后的工资不低于当地最低工资标准），那么在这种情况下，用人单位可能可以按照约定扣减工资。但这种情况需要严格的合同约定和法律审查，以确保其合法性。
   • 另外，如果员工同意用人单位从其工资中扣减借款，且这种同意是自愿、明确且不违反法律法规的，那么用人单位也可以按照员工的同意进行扣减。但同样需要确保这种同意的合法性和有效性。

建议：

• 对于用人单位来说，如果员工借款后逃跑，建议首先通过合法途径追偿债务，如与员工协商、提起诉讼等。
• 如果希望在未来避免类似情况的发生，可以在借款时与员工签订详细的借款合同，明确还款方式、还款期限以及违约责任等条款。同时，也可以考虑在合同中约定在特定条件下用人单位有权从员工工资中扣减借款（但需确保这种约定合法有效）。
• 如果对具体操作或法律条款有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。