工程合同中约定质保期为5年是合法的，但需根据具体工程项目类型来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 法规规定的最低质保期：

   • 根据《建设工程质量管理条例》第四十条，建设工程的最低保修期限有明确规定。其中，屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏的质保期为5年。这意味着，对于这类工程项目，合同中约定的质保期不得少于5年，否则将违反法规规定。
   • 对于其他工程项目，如基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，质保期为设计文件规定的该工程的合理使用年限；供热与供冷系统为2个采暖期、供冷期；电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程为2年。这些项目的质保期有各自的法定标准，合同中的约定应不低于这些标准。

2. 合同自治原则的应用：

   • 如果建设单位和施工单位在合同中约定的防水工程或其他工程项目的保修期限高于法定最低保修期限（如5年或更长），则按照合同约定执行。这体现了合同自治原则，即双方当事人在不违反法律法规强制性规定的前提下，可以自由约定合同条款。
   • 因此，在工程合同中约定质保期为5年，不仅符合法规对屋面防水工程等特定项目的最低要求，也体现了双方对工程质量的高标准要求，是合法且有效的。

3. 质保期的起始时间与责任界定：

   • 质保期自竣工验收合格之日起计算。这意味着，在工程通过建设单位、施工单位、监理单位等相关部门共同验收，并认定质量合格的日期开始，质保期即开始计算。
   • 在质保期内，若出现质量问题，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。但需注意，因建设单位使用不当、第三方破坏等非施工质量原因导致的问题，不适用此保修规定。

4. 实际操作建议：

   • 在签订工程合同时，双方应明确约定质保期的具体期限和范围，以及保修义务和责任界定等条款，以避免后续纠纷。
   • 施工单位应严格履行保修义务，确保工程质量和用户的使用安全。在质保期内出现问题时，应及时响应并妥善处理。
   • 建设单位也应合理使用工程设施，避免因使用不当导致的问题，并妥善保管相关维修记录，以便在需要时提供证据。

总结来说，工程合同中约定质保期为5年是合法的，但需确保该约定符合法规对特定工程项目的最低要求，并明确约定质保期的起始时间、保修义务和责任界定等条款。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。