结论：员工一个电话说不来上班就不来了，是否可以扣工资，不能一概而论，需根据具体情况判断。

分析如下：

1. 员工无故缺勤：

   • 如果员工没有合理的理由（如突发疾病、家庭紧急情况等），且未按照公司规定提前请假或获得批准，就擅自不来上班，这通常被视为无故缺勤。
   • 在这种情况下，公司有权根据内部规章制度或劳动合同中的约定，对员工进行相应的纪律处分，包括扣减工资。但需要注意的是，扣减工资的幅度和方式应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司应制定明确的规章制度，规定员工缺勤时的处理方式和工资扣减标准。这些规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
   • 劳动合同中也可以约定员工缺勤时的工资处理方式。如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照约定执行。

3. 法律法规的限制：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和相关法律法规，公司不得随意扣减员工的工资。工资扣减应当基于合法、合理的理由，并且不得低于当地最低工资标准。
   • 如果员工缺勤是由于公司原因造成的（如公司未安排工作、未提供劳动条件等），那么公司不得扣减员工的工资。

4. 建议处理方式：

   • 公司应首先与员工进行沟通，了解缺勤的原因和情况。如果员工有合理的理由，公司应给予理解和支持，并协商解决工资问题。
   • 如果员工无故缺勤，公司应根据公司规章制度和劳动合同中的约定，对员工进行纪律处分，并合理扣减工资。但扣减工资前，应确保已经履行了必要的程序（如通知员工、听取员工申辩等）。
   • 如果公司对员工的缺勤行为有疑问或争议，可以寻求劳动争议调解或仲裁机构的帮助，以维护公司的合法权益。

可能后果：

• 如果公司未经合法程序随意扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
• 如果员工无故缺勤且公司未采取合理措施进行管理，可能会影响公司的正常运营和团队氛围，甚至可能引发其他员工的效仿。

总结与建议：

• 公司应制定完善的规章制度和劳动合同条款，明确员工缺勤时的处理方式和工资扣减标准。
• 在处理员工缺勤问题时，公司应遵循合法、合理、公正的原则，确保员工的合法权益得到保障。
• 如果遇到复杂的劳动纠纷问题，建议及时向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。