员工因病请假两个月被扣除绩效工资是否合理，主要取决于用人单位的规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

合法情形

1. 依据绩效工资性质和公司规定：

   • 绩效工资通常是根据员工的工作表现、工作成果等因素来确定的。员工请病假时，可能会影响其工作任务完成和工作绩效。
   • 如果用人单位有完善的规章制度，明确规定了绩效工资的考核方式和发放标准，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）并已向劳动者公示，那么按照制度规定扣减绩效工资是合法的。
   • 举例：销售人员因病请假两个月，导致无法完成销售任务，公司根据规章制度不发放或按比例扣减该月绩效工资，这种做法通常是合法的。

2. 按劳动合同约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了病假期间绩效工资的发放方式，如病假期间不享受绩效工资或按一定比例扣减，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按合同约定扣减也是合法的。

不合法情形

1. 违反法律强制性规定：

   • 根据相关法律法规，劳动者患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
   • 如果用人单位扣除绩效工资后，导致员工实际领取的工资低于此标准，则扣减行为不合法。

2. 制度或约定不合理、显失公平：

   • 如果用人单位的规章制度或劳动合同中关于病假扣绩效工资的规定明显不合理、显失公平，损害了劳动者的合法权益，也可能被认定为不合法。
   • 举例：规定只要员工请一天病假就全部扣除当月绩效工资，而员工平时工作表现良好，这种规定可能被认为不合理。

综合建议

• 对于用人单位：在制定规章制度和劳动合同时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定和公示。同时，应充分考虑员工的实际情况和合法权益，避免制定过于苛刻或不合理的规定。
• 对于员工：在签订劳动合同时，应仔细阅读相关条款，了解自己的权益和义务。如果遇到用人单位不合理扣减绩效工资的情况，可以首先与用人单位协商解决；协商不成时，可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结来说，员工因病请假两个月被扣除绩效工资是否合理，需要综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。如果用人单位的规定合法、合理，且符合法律法规的强制性要求，那么扣减行为可能是合法的；反之，则可能不合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。