关于执行和解协议中申请人违约后的违约金处理方式，这并非是一个简单直接计入执行金额或必须另诉的问题，而是需要依据具体情况来分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：
一、违约金是否直接计入执行金额
若执行和解协议中有明确约定：
- 如果执行和解协议中明确规定了违约金的计算方式、支付条件，并且约定了违约金可以直接计入执行金额，那么在这种情况下，违约金是可以直接计入执行金额的。这通常意味着双方已经就违约金的支付方式达成了一致，并且这种约定是合法有效的。
若执行和解协议中无明确约定，但法律有相关规定：
- 在某些情况下，即使执行和解协议中没有明确约定违约金的支付方式，但根据相关法律的规定，违约金也可能被视为执行金额的一部分。然而，这通常需要法律有明确的规定，并且该规定适用于当前的执行和解协议。在大多数情况下，执行和解协议中的违约金支付方式还是需要双方明确约定的。
二、违约金是否需要另外诉讼
若双方对违约金有争议：
- 如果双方对违约金的数额、支付方式或是否存在违约行为等存在争议，那么通常需要通过另外的诉讼程序来解决。在这种情况下，一方可以向法院提起诉讼，要求确认违约金的数额或支付方式，或者要求对方承担违约责任。
若执行和解协议中的违约金条款存在瑕疵：
- 如果执行和解协议中的违约金条款存在瑕疵，如条款不明确、存在歧义或违反法律强制性规定等，那么这也可能导致需要通过另外的诉讼程序来解决。在这种情况下，法院可能会对违约金条款进行解释或修正，或者宣告该条款无效。
三、实际操作建议
仔细审查执行和解协议：
- 在处理执行和解协议中的违约金问题时，首先要仔细审查协议中的相关条款，了解双方对违约金的约定情况。
协商与调解：
- 如果双方对违约金存在争议，可以尝试通过协商或调解的方式来解决。这可以节省时间和成本，并且有助于维护双方的关系。
寻求法律帮助：
- 如果协商或调解无果，或者双方对违约金的争议较大，那么建议寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律建议，并帮助你制定合适的诉讼策略。
总结来说，执行和解协议中申请人违约后的违约金是否直接计入执行金额或需要另外诉讼，取决于协议中的具体约定以及相关法律的规定。在处理这类问题时，建议仔细审查协议条款、尝试协商与调解，并在必要时寻求专业的法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。