结论：针对买卖合同部分未履约，第三方担保方对违约进行赔偿时，是否需要开增值税发票，需根据赔偿款的性质来判断。若赔偿款属于增值税应税范围，则需开具增值税发票；若不属于，则无需开具。
分析：
赔偿款性质判断：
- 增值税应税范围：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，增值税的应税范围主要包括销售货物、提供劳务、销售服务、无形资产或不动产等。若第三方担保方的赔偿款被视为对原合同未履约部分的补偿，且该补偿与销售货物或提供劳务等直接相关，那么该赔偿款可能被视为增值税应税收入。
- 非增值税应税范围：如果赔偿款是因违约而产生的违约金、罚款等，且这些款项并不直接关联于销售货物或提供劳务等增值税应税行为，那么这些赔偿款可能不属于增值税应税范围。
开具增值税发票的条件：
- 应税行为发生：只有当发生了增值税应税行为时，才需要开具增值税发票。因此，如果赔偿款属于增值税应税范围，且应税行为已经发生（如货物已销售但部分未履约，赔偿款作为对未履约部分的补偿），则需开具增值税发票。
- 收款方要求：此外，如果收款方（即买卖合同中的卖方或买方，根据赔偿款的实际支付对象而定）要求开具增值税发票，且赔偿款确实属于增值税应税范围，那么支付方（即第三方担保方）应当开具。
实际操作建议：
- 明确赔偿款性质：在签订赔偿协议时，应明确赔偿款的性质，即是否属于增值税应税范围。这有助于双方在后续操作中明确是否需要开具增值税发票。
- 咨询税务机关：如果不确定赔偿款是否属于增值税应税范围，或者对开具增值税发票的具体要求有疑问，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规操作。
举例：
- 假设买卖合同中约定销售一批货物，但部分货物因第三方担保方的原因未能按时交付。卖方因此向买方支付了赔偿款，作为对未交付货物的补偿。如果该赔偿款被视为对销售货物的补偿，且属于增值税应税范围，那么第三方担保方（作为赔偿款的支付方）在向卖方支付赔偿款时，应当开具增值税发票。
- 另一方面，如果赔偿款是因第三方担保方未能履行其担保义务而产生的违约金，且该违约金并不直接关联于销售货物或提供劳务等增值税应税行为，那么该赔偿款可能不属于增值税应税范围，无需开具增值税发票。
后续行动建议：
- 如果您作为买卖合同的一方或第三方担保方，在面临此类情况时，建议首先明确赔偿款的性质，并咨询专业税务顾问或当地税务机关的意见，以确保合规操作并避免潜在的税务风险。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。