结论：

1. 违约金：若违约金与应税行为直接相关（如因未履行销售合同而支付），通常属于价外费用，需开具发票；若与应税行为无关（如单纯因延迟交货支付），则无需开票。
   
2. 滞纳金：若滞纳金是因未按时履行纳税义务（如欠税）产生，由税务机关征收，无需开票；若滞纳金是合同约定的违约责任（如逾期付款违约金），则需按价外费用处理，开具发票。
   
3. 赔偿金：若赔偿金是因应税行为瑕疵导致买方损失（如货物质量问题），需开具发票；若赔偿金是独立于应税行为的补偿（如精神损害赔偿），则无需开票。
   

详细分析

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，以及《企业所得税法》相关规定，结合实务操作，分情况说明如下：

1. 违约金是否需要开票？

• 与应税行为直接相关：
  若违约金是因销售方未履行合同义务（如未交付货物、未提供服务）而支付，属于价外费用（即销售方向购买方收取的、与销售行为直接相关的各种性质的费用）。根据《增值税暂行条例》第六条，价外费用需并入销售额计算增值税，因此需开具发票。
  示例：卖方因延迟交货，按合同约定向买方支付违约金1万元，该违约金属于价外费用，需开具增值税发票。

• 与应税行为无关：
  若违约金是因非销售行为产生（如单纯因延迟交货但未涉及货物或服务本身），则不属于价外费用，无需开具发票，但需按“其他收入”申报企业所得税。
  示例：卖方因未按时提交合同文件（非货物或服务问题）支付违约金，无需开票。

2. 滞纳金是否需要开票？

• 税务机关征收的滞纳金：
  若滞纳金是因未按时缴纳税款（如增值税、企业所得税）由税务机关征收，属于行政罚款性质，无需开具发票，但需在企业所得税汇算清缴时作为“营业外支出”处理，且不得税前扣除。

• 合同约定的滞纳金：
  若滞纳金是合同双方约定的违约责任（如逾期付款违约金），本质属于价外费用，需开具发票。
  示例：买方逾期支付货款，按合同约定支付滞纳金5000元，卖方需开具增值税发票。

3. 赔偿金是否需要开票？

• 因应税行为瑕疵导致的赔偿：
  若赔偿金是因销售方提供的货物或服务存在质量问题（如货物损坏、服务不达标），导致买方损失而支付，属于价外费用或赔偿收入，需开具发票。
  示例：卖方交付的货物存在质量问题，赔偿买方损失2万元，需开具红字发票或普通发票（根据具体情形）。

• 独立于应税行为的赔偿：
  若赔偿金是因非销售行为产生（如侵犯买方名誉权、人身权等），属于非经营性收入，无需开具发票，但需按“其他收入”申报企业所得税。
  示例：卖方因泄露买方商业秘密支付赔偿金10万元，无需开票。

实务建议

1. 区分性质：明确违约金、滞纳金、赔偿金的具体性质（是否与应税行为直接相关），避免混淆。
   
2. 合同约定：在合同中明确约定费用性质（如“价外费用”“赔偿款”），为开票和税务处理提供依据。
   
3. 咨询税务机关：若对费用性质存疑，可向当地税务机关咨询，降低税务风险。
   

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