关于三方协议原件的保管问题，一般来说，并没有一个绝对的法律规定要求原件必须存放在公司还是个人手中，这主要取决于协议各方的约定以及实际操作的便利性。不过，我可以从几个角度为你详细分析这个问题：

1. 协议约定优先：

   • 三方协议，顾名思义，是涉及三个主体的协议。在签订协议时，各方可以就协议的保管、使用、复制等事项进行明确约定。如果协议中明确规定了原件的保管方，那么各方应当遵循该约定。
   • 例如，如果协议中约定“本协议原件一式三份，甲、乙、丙三方各执一份”，那么各方就应当各自保管好自己的原件。

2. 实际操作便利性：

   • 即使协议中没有明确约定原件的保管方，各方也可以根据实际操作的便利性来协商确定。
   • 例如，如果公司需要经常使用该协议进行业务操作或备案，那么公司保管原件可能更为方便；如果个人需要保留原件作为个人权益的证明，那么个人保管原件也是合理的。

3. 法律风险与防范：

   • 无论原件由哪方保管，都应当注意妥善保管，防止丢失或损坏。因为原件是证明协议内容、各方权利义务的重要证据。
   • 如果可能的话，各方可以协商制作协议的复印件或扫描件，并加盖各方公章或签字确认，以作为原件的备份。这样即使原件丢失或损坏，也有备份可以证明协议内容。

4. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如涉及诉讼、仲裁等法律程序时，原件的保管可能更为重要。因为法律程序通常要求提供原件作为证据。
   • 在这种情况下，如果原件由个人保管，而公司需要作为证据使用，个人应当积极配合公司提供原件或经过公证的复印件。

建议：

• 在签订三方协议时，各方应当就原件的保管问题进行明确约定，以避免后续产生纠纷。
• 如果协议中没有约定或约定不明确，各方可以根据实际操作的便利性和法律风险防范的需要来协商确定原件的保管方。
• 无论原件由哪方保管，都应当注意妥善保管并制作备份，以防止丢失或损坏。

最后，如果你在处理三方协议原件保管问题时遇到任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和建议。