结论：退居二线的农商行基层行长是否不用上班合规，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要依据具体情况和相关规定来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动合同与岗位调整：

   • 劳动合同内容：首先，需要查看该行长与农商行签订的劳动合同中，是否有关于岗位调整、工作内容变更以及工作时间等方面的具体约定。如果合同中明确规定了行长在退居二线后的工作职责和工作时间，那么双方应严格按照合同执行。
   • 岗位调整程序：如果农商行希望对行长进行岗位调整，包括减少工作时间或改变工作内容，应遵循劳动合同变更的程序，与行长进行协商并达成一致意见。未经协商一致，单方面改变劳动合同内容可能构成违约。

2. 公司规章制度与内部管理：

   • 规章制度内容：农商行应有一套完善的规章制度，其中应包含对员工工作时间、岗位调整等方面的规定。如果规章制度中明确规定了退居二线员工的职责和工作时间，且该制度已经过合法程序制定并公示，那么行长应遵守这些规定。
   • 内部管理实践：除了规章制度外，农商行的内部管理实践也会影响对这一问题的判断。如果农商行长期以来对退居二线员工有特定的管理方式，且这种方式被员工普遍接受，那么也可以作为判断合规性的参考。

3. 法律法规与劳动保护：

   • 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工享有劳动权益，包括获得劳动报酬、休息休假等。如果农商行要求退居二线的行长不上班但又不支付相应报酬，或者剥夺了其休息休假的权利，那么这种做法可能违反法律法规。
   • 特殊保护：对于特定年龄或岗位的员工，法律法规可能提供了额外的保护。例如，对于接近退休年龄的员工，可能享有更灵活的工作安排或更长的休假时间。如果行长符合这些条件，农商行在安排其工作时也应考虑这些因素。

4. 实际操作与合规性建议：

   • 沟通协商：在处理这类问题时，建议农商行与行长进行充分的沟通协商，明确双方的权利和义务，避免产生不必要的纠纷。
   • 书面确认：如果双方就岗位调整、工作时间等事项达成一致意见，建议以书面形式进行确认，以便在后续出现争议时作为证据使用。
   • 合规审查：农商行在制定或调整相关规章制度时，应进行合规审查，确保规章制度的内容符合法律法规的要求，避免因违规操作而引发法律风险。

总结与建议：退居二线的农商行基层行长是否不用上班合规，取决于劳动合同的约定、公司规章制度的内容、法律法规的规定以及双方的实际操作。如果农商行希望对行长进行岗位调整或改变其工作时间，应遵循相关法律法规和劳动合同的规定，与行长进行充分的沟通协商，并确保调整后的安排符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。