员工持有残疾证在公司工作，可以享受多方面的待遇，这些待遇主要来源于国家对残疾人就业的优惠政策以及工伤保险的相关规定。以下是对这些待遇的详细解释：
一、税收优惠政策
企业所得税方面：
- 公司安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，还可以按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。这意味着公司在计算应纳税所得额时，可以额外扣除一部分残疾职工的工资，从而降低税负。
- 要享受这一优惠政策，公司需要满足一定条件，如与残疾职工签订1年以上（含1年）的劳动合同或服务协议，为残疾职工按月足额缴纳社会保险，通过银行等金融机构按月支付不低于当地最低工资标准的工资，以及具备安置残疾人上岗工作的基本设施。
增值税方面：
- 安置的每位残疾人每月可退还的增值税具体限额，由县级以上税务机关根据纳税人所在区县适用的经省人民政府批准的月最低工资标准的4倍确定。这为公司提供了一定的税收减免。
- 同样，享受增值税优惠政策也需要满足一定条件，如与残疾职工签订劳动合同或服务协议，为残疾职工缴纳社会保险，以及按月支付不低于当地最低工资标准的工资。
残疾人就业保障金方面：
- 公司安排残疾人就业比例达到一定标准（如1%以上但未达到所在地省、自治区、直辖市人民政府规定比例的），可以按规定应缴费额的50%缴纳残疾人就业保障金；安排残疾人就业比例在1%以下的，则按规定应缴费额的90%缴纳。
- 如果公司连续两年亏损，且安排残疾人就业的比例不低于本单位在职职工总数的0.75%，同时每年在职职工年平均工资不高于上年度当地社会平均工资的2倍，还可以申请减缴残疾人就业保障金。
- 此外，公司安排1名持有《中华人民共和国残疾人证》（1-2级）或《中华人民共和国残疾军人证》（1-3级）的人员就业的，按照安排2名残疾人就业计算缴纳残疾人就业保障金。
二、工伤保险待遇
如果员工因工致残被鉴定为一级至四级伤残，他们还可以享受以下工伤保险待遇：
一次性伤残补助金：
- 根据伤残等级，从工伤保险基金支付一次性伤残补助金。一级伤残为27个月的本人工资，二级伤残为25个月的本人工资，三级伤残为23个月的本人工资，四级伤残为21个月的本人工资。
伤残津贴：
- 从工伤保险基金按月支付伤残津贴。一级伤残为本人工资的90%，二级伤残为本人工资的85%，三级伤残为本人工资的80%，四级伤残为本人工资的75%。如果伤残津贴实际金额低于当地最低工资标准，由工伤保险基金补足差额。
退休待遇：
- 工伤职工达到退休年龄并办理退休手续后，停发伤残津贴，按照国家有关规定享受基本养老保险待遇。如果基本养老保险待遇低于伤残津贴，由工伤保险基金补足差额。
医疗保险费：
- 职工因工致残被鉴定为一级至四级伤残的，由用人单位和职工个人以伤残津贴为基数，缴纳基本医疗保险费。
综上所述，员工持有残疾证在公司工作，可以享受税收优惠政策以及可能的工伤保险待遇。这些待遇旨在鼓励公司雇佣残疾人，促进残疾人就业，同时保障残疾人的合法权益。