员工手册在某些情况下可能会被视为无效，其中一种典型的情况就是手册中的规定违反了相关法律法规或公平原则。以“旷工一天扣三天工资”这一规定为例，它之所以无效，主要有以下几个方面的原因：

首先，这一规定侵犯了劳动者获得劳动报酬的基本权利。根据劳动法的原则，劳动者只要正常提供了劳动，就有权获得相应的报酬。即使劳动者在一定期间内存在旷工的情形，他们对于实际提供正常劳动的天数仍然有权获得报酬。而“旷工一天扣三天工资”的规定，显然剥夺了劳动者这部分应得的报酬，因此是无效的。

其次，这一规定属于变相克扣员工劳动报酬。员工工作一天应获得一天的工资，这是天经地义的事情。如果员工缺勤一天，公司可以不支付当天的工资。但是，公司规定旷工一天要扣三天的工资，那么多扣的两天工资显然就是其他正常工作日的工资，这就构成了变相克扣工资的行为。这种行为严重违反了《劳动合同法》中关于用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬的规定。

最后，这一规定还违反了《劳动合同法》中关于劳动合同无效或部分无效的规定。具体来说，它免除了用人单位支付劳动报酬的法定责任，同时排除了劳动者获取劳动报酬的权利。根据《劳动合同法》第二十六条的规定，这样的劳动合同或条款是无效的。

除了上述情况外，员工手册还可能因为其他原因而被视为无效，比如手册中的规定与法律法规相抵触、手册的制定程序不合法、手册的内容存在歧视性或不合理性等。因此，用人单位在制定员工手册时，必须严格遵守相关法律法规和公平原则，确保手册的内容合法、合理、公正。同时，劳动者也有权对员工手册中的不合理规定提出异议，并通过合法途径维护自己的权益。