关于您提出的“员工手册有罚款，是整个手册无效还是部分条款无效”的问题，这主要取决于罚款条款的性质以及员工手册的整体合法性。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工手册中的罚款条款，如果违反了国家法律法规，特别是与劳动法律法规相抵触，那么这些条款是无效的。例如，根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位并非行政单位，不具有行政处罚权，因此员工手册中关于迟到罚款、旷工罚款等类似条款，通常会被视为无效。
然而，这并不意味着整个员工手册都会因此无效。员工手册的无效性通常取决于其制定程序、内容合法性以及是否侵犯劳动者权益等多个方面。如果员工手册中的其他条款都是合法、合理且经过民主程序制定并公示或告知劳动者的，那么这些条款仍然是有效的。
具体来说，员工手册在以下情况下可能会被认定为部分或整体无效：
制定程序不合法：如果员工手册未经职工代表大会或者全体职工讨论，未与工会或者职工代表平等协商确定，或者未公示或未告知劳动者，那么其相关内容在处理员工时可能被视为无效。
内容违反法律法规：除了罚款条款外，如果员工手册中还有其他与劳动法律法规相抵触的内容，如不合理的工作时间、休息休假规定，或者侵犯劳动者合法权益的条款，这些条款也将被视为无效。
内容不合理或显失公平：如果员工手册中的规定过于苛刻或不合理，或者存在明显不公平的条款，如只规定员工赔偿公司损失而未规定公司对员工损失的赔偿责任，这些条款也可能被视为无效。
因此，针对您的问题，如果员工手册中只有罚款条款违反了法律法规，那么只是这些罚款条款无效，而员工手册中的其他合法、合理且经过民主程序制定并公示或告知劳动者的条款仍然是有效的。但如果员工手册的制定程序、内容合法性或是否侵犯劳动者权益等方面存在多个问题，那么整个员工手册可能会被视为无效。
为了避免潜在的法律风险，我建议您仔细审查员工手册中的各项条款，确保其合法性和合理性。如果发现任何问题或疑虑，建议及时咨询法律专业人士或相关劳动部门进行确认和修改。