公司搬迁部门合并到关联公司，这一行为是否合法，需根据具体情况进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性判断的核心要素
员工权益保障：
- 劳动合同变更：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。若公司搬迁部门合并到关联公司，涉及员工劳动合同的变更（如工作地点、工作岗位等），必须与员工协商一致，并签订书面变更协议。若未经员工同意，单方面变更劳动合同，则可能构成违法。
- 经济补偿：若因部门合并导致员工劳动合同无法继续履行，且双方无法就变更劳动合同达成一致，公司应按照《劳动合同法》的规定，向员工支付经济补偿。
公司决策程序：
- 内部决策：公司搬迁部门合并到关联公司，属于公司重大经营决策，应按照公司章程和内部管理制度的规定，履行相应的决策程序，如董事会决议、股东会决议等。
- 关联交易合规性：若合并行为涉及关联交易，还需确保关联交易的合规性，避免利益输送和损害公司及其他股东利益的情况发生。
反垄断与反不正当竞争：
- 市场影响：若公司搬迁部门合并到关联公司后，在相关市场上形成垄断地位或排除、限制竞争，则可能违反《反垄断法》的相关规定。
- 合规审查：在进行合并前，应进行合规审查，评估合并行为对市场竞争的影响，确保合并行为符合反垄断和反不正当竞争的要求。
二、可能面临的法律后果
员工维权：
- 若公司未经员工同意单方面变更劳动合同，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求恢复原劳动合同或支付经济补偿。
- 若公司未按照法律规定支付经济补偿，员工还有权向法院提起诉讼，要求公司支付拖欠的经济补偿及相应的赔偿金。
行政处罚：
- 若公司合并行为违反反垄断或反不正当竞争的相关规定，可能面临市场监管部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
民事责任：
- 若公司合并行为损害公司或其他股东的利益，相关利益方有权向法院提起诉讼，要求公司承担相应的民事责任。
三、建议与措施
提前规划与沟通：
- 在进行部门合并前，公司应提前规划，制定详细的合并方案，并与员工进行充分沟通，确保员工了解合并的背景、目的和影响。
- 公司应积极与员工协商变更劳动合同的事宜，争取员工的理解和支持。
履行决策程序：
- 公司应按照公司章程和内部管理制度的规定，履行相应的决策程序，确保合并行为的合法性和合规性。
进行合规审查：
- 在进行合并前，公司应进行合规审查，评估合并行为对市场竞争、员工权益等方面的影响，确保合并行为符合相关法律法规的要求。
寻求专业法律支持：
- 在进行部门合并过程中，公司应寻求专业法律支持，确保合并行为的合法性和合规性，避免潜在的法律风险。
若您对公司搬迁部门合并到关联公司的合法性仍有疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律意见和解决方案。