在职业病申请中对用人单位证据存异议时，可以按照以下步骤处理：

1. 明确异议点并收集反证
   首先需明确对用人单位哪些证据存在异议（如劳动关系证明、职业病危害接触史、工作场所监测数据等），并针对性收集反证。例如：
   

• 若用人单位未提供劳动合同，可收集工资条、工牌、考勤记录、同事证言等证明劳动关系；
  
• 若质疑工作场所危害因素监测数据，可申请调取环保部门备案记录或委托第三方机构重新检测；
  
• 若用人单位否认职业病与工作相关，可提供医学文献、同类案例或专家意见佐证因果关系。
  

1. 申请职业病诊断机构介入调查
   根据《职业病防治法》第四十九条，劳动者对用人单位提供的职业病危害因素检测资料有异议时，诊断机构应当结合劳动者临床表现、辅助检查结果等，综合分析并作出判断。
   

• 流程：向当地职业病诊断机构提交书面异议申请，附上反证材料，要求诊断机构对争议点进行调查核实；
  
• 关键点：诊断机构需在30日内出具诊断结论，若用人单位不提供相关材料，诊断机构可直接依据现有证据或调查结果作出判定。
  

1. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若对诊断结论不服，可依法维权：
   

• 行政复议：自收到诊断证明书之日起15日内，向作出诊断的医疗卫生机构所在地设区的市级卫生行政部门申请复议；
  
• 行政诉讼：对复议结果仍不服的，可在收到复议决定书之日起15日内向法院起诉，或直接在收到诊断证明书之日起6个月内起诉。
  

1. 利用劳动仲裁或诉讼固定证据
   若职业病认定与劳动关系、工伤赔偿等纠纷交织，可同步申请劳动仲裁或提起民事诉讼：
   

• 劳动仲裁：主张确认劳动关系、要求用人单位承担举证责任（如《劳动争议调解仲裁法》第六条规定“与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供”）；
  
• 民事诉讼：若仲裁未果，可向法院起诉，申请法院调取用人单位关键证据（如工作记录、监测报告等）或委托司法鉴定。
  

注意事项：

• 异议处理需在职业病诊断、鉴定过程中及时提出，逾期可能丧失权利；
  
• 所有申请均需书面提交并留存凭证，避免口头沟通导致举证困难；
  
• 若用人单位存在伪造证据行为，可向劳动监察部门举报，追究其行政责任甚至刑事责任。
  

如有具体证据类型或争议场景，可进一步说明，我会结合案例详细分析。