结论：月底入职社保把工资扣完是否合法不能一概而论，需分情况讨论。具体分析如下：

1. 社保缴费基数与比例的合法性
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数通常为职工上年度月平均工资（新入职员工为首月工资），且不得低于当地社平工资的60%、不得高于300%。缴费比例由社保部门统一规定（如养老单位16%、个人8%；医疗单位8%、个人2%等）。
   若单位按法定基数和比例代扣代缴，即使工资被扣完，也可能是合法的。例如：员工月工资3000元（低于社平工资60%），按最低基数代缴，个人承担部分可能接近或超过工资，此时单位需补足差额或与员工协商处理。

2. 单位是否存在违规操作
   需重点核查以下情形：

• 超基数扣缴：单位擅自提高缴费基数（如按实际工资而非社平工资60%计算），导致个人承担部分过高；
  
• 重复扣费：单位将本应由单位承担的部分（如养老单位16%）转嫁给员工；
  
• 未足额支付工资：根据《劳动合同法》，单位支付工资不得低于当地最低工资标准。若扣除社保后工资低于最低标准，则属违法。
  若存在上述情形，单位行为违法，员工可要求补发工资或向劳动监察部门投诉。

1. 员工权益保护建议
   

• 核查工资条：要求单位提供详细工资条，明确社保扣费项目及金额；
  
• 咨询社保部门：通过当地社保局官网或热线，查询个人社保缴费基数及比例是否合规；
  
• 协商或投诉：若发现单位违规，可先与单位协商；协商不成，向劳动监察大队举报或申请劳动仲裁。

总结：社保扣费需以法定基数和比例为限，且扣除后工资不得低于最低标准。若单位操作合规，即使工资被扣完也可能合法；若存在违规，员工有权维权。建议优先通过工资条和社保查询核实具体情况，再采取进一步行动。