员工自行离职，用人单位不能以此为由不发工资。以下是对这一问题的详细解答：

一、工资支付的法律原则

根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者付出劳动后应得的报酬。只要员工为用人单位提供了正常劳动，即有权获得相应的工资，这一权利与员工是否办理离职手续并无直接关联。因此，即使员工自行离职且未办理离职手续，用人单位也不能拒绝支付其应得的工资。

二、损失赔偿与工资支付的独立性

员工自行离职可能会给用人单位带来一些不便或损失，如工作交接不及时、业务中断等。然而，这些损失并不能成为用人单位克扣或拒发工资的理由。损失赔偿与工资支付是两个独立的法律关系。如果确实因员工自行离职造成了实际经济损失，用人单位可以要求员工承担赔偿责任，但这一要求必须基于充分的证据证明损失的存在和具体数额，并且要通过合法的途径来主张，如协商、劳动仲裁或诉讼等，而不能直接在工资中扣除。

三、工资的计算与支付时机

对于自行离职员工的工资，应按照其在用人单位的实际用工天数进行结算。用人单位在员工离职时，应当为其结清工资，确保员工得到应有的劳动报酬。这是法律赋予劳动者的基本权利，也是用人单位应尽的法定义务。

四、用人单位的应对措施

1. 发出书面通知：如果员工没有办理离职手续，用人单位有义务向其发出书面通知，明确要求员工办理离职手续的时间和地点。
2. 依法解除劳动合同：若员工在通知规定的时间内仍未办理离职手续，用人单位可以依法解除劳动合同，但这并不影响用人单位支付员工应得工资的义务。
3. 积极维护自身权益：对于员工自行离职可能带来的损失，用人单位应积极收集证据，通过合法途径主张赔偿。

五、员工的维权途径

如果员工自行离职后遭遇用人单位拒付工资的情况，员工可以通过以下途径维权：

1. 协商解决：首先尝试与用人单位进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 投诉举报：向当地劳动保障部门（如劳动监察大队）投诉，请求其介入调查并督促用人单位支付工资。
3. 劳动仲裁：若协商和投诉均无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，员工自行离职并不能成为用人单位拒绝支付工资的理由。用人单位应依法履行工资支付义务，并积极采取措施维护自身权益。同时，员工也应遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保离职手续的及时办理。