结论前置：员工自离没有办离职手续，用人单位仍需支付其应得的工资，不能以此为由克扣或拒发。
详细分析
劳动者获得劳动报酬的权利
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者提供了正常的劳动，无论其离职方式如何，都依法享有获得相应工资的权利。员工自离虽然未办理离职手续，但只要存在事实上的劳动关系（即员工为用人单位提供了劳动），用人单位就应当支付相应的劳动报酬。
用人单位支付工资的义务
- 《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。即使劳动者未按照正常程序离职，用人单位也应当按照法律规定支付其应得的工资。离职手续的办理是用人单位内部管理流程的一部分，不能作为拒绝支付工资的理由。
自离行为的不当性与工资支付的独立性
- 劳动者的自离行为可能违反了公司的规章制度，但这并不构成用人单位拒绝支付工资的理由。自离行为与劳动者已经付出的劳动以及应得的工资是两个不同的法律关系。如果劳动者的自离给公司造成了损失，用人单位可以通过法律途径要求劳动者赔偿，但不能以此为由拒付工资。用人单位在扣除赔偿费用时，必须遵循法定程序和比例原则，确保不侵犯员工的合法权益。
用人单位的合法处理措施
- 用人单位可以针对劳动者的自离行为，根据公司的规章制度和劳动法律法规的规定，采取相应的处理措施，如要求劳动者承担经济损失等。但前提是这些规定必须合法且合理，并且用人单位需要有充分的证据证明损失的存在以及损失与劳动者自离行为之间的因果关系。用人单位应积极与员工沟通，催促其办理离职手续，并结清工资。如果员工拒绝配合，用人单位可以通过合法途径解决，如发送催告函、提起劳动仲裁等，但不能以此为由扣留员工的工资。
实际操作建议
- 及时沟通：发现员工自离后，用人单位应第一时间与员工取得联系，了解其离职原因和意愿，并催促其尽快办理离职手续。
- 保留证据：妥善保存与员工之间的劳动合同、考勤记录、工资支付凭证等相关证据，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的劳动纠纷中至关重要。
- 依法处理：如果员工拒绝配合办理离职手续或结清工资，用人单位可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。同时，用人单位也应确保工资支付的合法性和及时性，避免因此引发不必要的法律纠纷。
总之，员工自离未办理离职手续并不能成为用人单位拒绝支付工资的理由。用人单位应依法履行工资支付义务，并积极采取措施维护自身权益。如果用人单位在处理此类问题时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议。