员工自行离职，企业不可以停发工资。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据与工资支付原则

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的明确规定，工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或无故拖欠。这意味着，只要员工为企业提供了实际劳动，无论其离职方式如何，企业均有义务支付相应的工资。这是法律赋予劳动者的基本权利，也是企业应尽的法定义务。

二、工资计算与支付时机

对于自行离职员工的工资计算，应按照其在企业的实际用工天数进行结算。企业应在员工离职时，为其结清工资，确保劳动者得到应有的劳动报酬。例如，如果员工在某个月工作了10天后自行离职，那么企业就应当支付这10天的工资。

三、损失赔偿与工资支付的独立性

虽然员工自行离职可能会给企业造成一定的经济损失，如工作交接不畅、资料缺失等，但这并不能成为企业拒绝支付工资的理由。损失赔偿与工资支付是两个独立的法律关系。企业可以依法追究员工的赔偿责任，要求员工赔偿因自行离职而造成的损失，但这并不影响其支付工资的义务。赔偿事宜应另行处理，且需遵循相关法律规定，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。

四、企业拒发工资的法律后果

如果企业因员工自行离职而拒绝支付工资，员工有权采取多种维权途径：

1. 协商解决：员工可以尝试与企业进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 投诉举报：员工可以向当地劳动保障部门（如劳动监察大队）投诉，请求其介入调查并督促企业支付工资。
3. 劳动仲裁：若协商和投诉均无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
4. 提起诉讼：若劳动仲裁结果仍不能令员工满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，进一步追求公正和赔偿。

五、实际操作建议

1. 企业角度：企业应建立健全的离职管理制度，明确离职流程和工资支付规定。在员工离职时，企业应按照实际用工天数结算工资，并确保工资支付及时、足额。同时，企业可以依法与员工签订离职协议，明确双方的权利和义务，包括损失赔偿等事项。
2. 员工角度：员工在离职前应尽可能与企业进行充分沟通，确保工作交接顺畅，减少因离职而给企业造成的损失。如果企业拒绝支付工资，员工应保留好相关证据（如工作记录、工资条等），并及时采取维权措施。

综上所述，员工自行离职并不影响其获得已工作期间的工资。企业应严格遵守相关法律法规，确保按时、足额支付员工工资，同时依法处理因员工自行离职而可能产生的损失赔偿事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。