国有企业董事长有案底，需根据案底性质、时间及法律规定分情况处理，具体如下：

1. 若案底涉及刑事犯罪且未过追诉时效或未被依法处理
   根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，若董事长曾犯刑事罪行但未被追诉（如逃避侦查、审判），或刑罚未执行完毕（如缓刑考验期未满、假释未撤销），其任职资格将直接受限。根据《企业国有资产法》第25条及《公司法》第146条，因贪污、贿赂、侵占财产等犯罪被判处刑罚，执行期满未逾五年的人员，不得担任国有企业董事、监事或高级管理人员。此时需立即启动任职资格审查程序，依法解除其职务。

2. 若案底为已执行完毕的刑事犯罪且超过法定限制期
   若董事长曾因刑事犯罪被判处刑罚，但执行期满已逾五年（或因其他犯罪被判处刑罚，执行期满已逾三年，且非特定严重犯罪），其任职资格限制自动解除。但需注意：

   • 行业特殊限制：若涉及金融、安全等特殊行业，可能存在额外限制（如《银行业金融机构董事和高级管理人员任职资格管理办法》对金融犯罪的终身禁入规定）；
     
   • 企业章程约束：部分国有企业章程可能对“案底”范围作出更严格规定（如将行政处罚、纪律处分纳入审查范围），需结合章程具体条款判断。

3. 若案底为行政处罚或纪律处分（非刑事犯罪）
   行政处罚（如罚款、拘留）或党内纪律处分（如警告、开除党籍）本身不直接导致任职资格丧失，但需评估其影响：

   • 社会评价风险：若处罚涉及道德诚信问题（如虚假陈述、商业贿赂），可能引发公众对国有企业治理能力的质疑，建议通过内部合规审查或第三方评估降低风险；
     
   • 职务便利滥用风险：若处罚与职务行为相关（如滥用职权、利益输送），需立即启动内部调查，必要时调整其分工或暂停职务。

4. 若案底信息存在隐瞒或虚假陈述
   根据《企业国有资产法》第71条，若董事长在任职时未如实报告案底信息，国有企业可依法解除劳动合同，并追究其违约责任；若因隐瞒导致国有资产损失，还可通过民事诉讼要求赔偿。建议立即核查其入职时的申报材料，并保留追责权利。

行动建议：

• 短期：委托律师或合规部门核查案底具体信息（包括犯罪类型、刑罚执行情况、时间节点），对比法律法规及企业章程，形成法律意见书；
  
• 中期：根据核查结果，依法启动职务调整程序（如召开董事会免职、报国资委审批），并同步完善企业高管任职资格审查制度；
  
• 长期：加强企业合规文化建设，定期对高管进行背景调查，避免类似风险再次发生。
  

如有进一步细节（如案底具体类型、时间、企业行业属性等），可随时补充说明，我会为您细化分析。