在收到员工发送的加班费补偿函后，书面回复应当既体现公司对员工权益的尊重，又明确公司的立场和后续处理步骤。以下是一个结构化的书面回复示例框架，您可以根据实际情况调整内容：

回复标题：关于加班费补偿函的回复

尊敬的[员工姓名]：

1. 确认收悉： 首先，我代表公司确认已收到您于[具体日期]发送的关于加班费补偿的函件。感谢您以书面形式明确表达您的诉求，这有助于我们更高效地处理此事。

2. 表达重视： 公司高度重视每一位员工的合法权益，包括加班费的支付问题。我们理解加班费是对员工额外工作时间的合理补偿，也是公司应尽的法律责任。

3. 说明处理流程：

   • 审核阶段：公司人力资源部门与财务部门将联合对您提出的加班记录及相应补偿要求进行详细审核。这一过程可能需要一定时间，以确保所有信息的准确无误。
   • 沟通反馈：审核完成后，我们将第一时间与您联系，就审核结果进行沟通。如果审核确认存在未支付的加班费，公司将立即安排补发；若存在争议或需要进一步澄清的地方，我们也愿意与您进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 法律合规：在整个处理过程中，公司将严格遵守国家相关法律法规，确保所有操作合法合规，保障您的合法权益不受侵害。

4. 保持开放沟通： 我们鼓励并欢迎您在此过程中提出任何疑问或建议。如果您有任何补充材料或需要进一步说明的情况，请随时与我们联系。公司致力于构建一个透明、公正的沟通环境，确保每位员工的声音都能被听见。

5. 结束语： 再次感谢您对公司的信任与支持。我们相信，通过双方的共同努力，能够妥善解决此次加班费补偿问题，维护良好的劳动关系。期待与您保持积极、建设性的沟通。

此致 敬礼！

[公司名称] [回复人姓名及职位] [回复日期]

请根据实际情况填写具体的日期、姓名、公司名称等信息，并根据需要调整回复内容的具体表述。如有任何法律疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询，我很乐意为您提供帮助。