结论：员工不愿意协商解除劳动合同，用人单位不可以直接按照最低工资标准处理。具体分析如下：
一、协商解除劳动合同的法律基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则。这意味着，无论是用人单位还是劳动者，都有权在平等的基础上就劳动合同的解除进行协商，并达成一致意见。如果员工不愿意协商解除劳动合同，用人单位不能单方面强制解除，更不能直接按照最低工资标准处理。
二、用人单位单方面解除劳动合同的限制
法定解除情形：用人单位在特定情况下可以单方面解除劳动合同，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。但这些情形都有严格的法律定义和证明要求，且与员工是否愿意协商解除劳动合同无关。
经济性裁员：在符合法定条件（如企业破产重整、生产经营发生严重困难等）并履行法定程序（如提前向工会或全体职工说明情况、听取意见、向劳动行政部门报告等）的情况下，用人单位可以进行经济性裁员。但经济性裁员也并非可以随意按照最低工资标准处理员工，而是需要支付相应的经济补偿。
最低工资标准的适用：最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它并非用于处理员工不愿意协商解除劳动合同的情况。
三、用人单位可能面临的法律后果
如果用人单位在员工不愿意协商解除劳动合同的情况下，擅自按照最低工资标准处理，可能面临以下法律后果：
支付经济补偿或赔偿金：根据《劳动合同法》的规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿标准的二倍赔偿金。
恢复劳动关系：在劳动者要求继续履行劳动合同的情况下，用人单位可能需要恢复与劳动者的劳动关系，并补发违法解除期间的工资。
行政处罚：用人单位还可能因违反劳动法律法规而受到劳动行政部门的处罚。
四、建议与措施
加强沟通：用人单位应与员工进行充分沟通，了解员工不愿意协商解除劳动合同的具体原因，并尝试通过协商找到双方都能接受的解决方案。
依法处理：如果确实需要解除劳动合同，用人单位应依法履行相关程序，如提前通知、支付经济补偿等，以避免法律风险。
寻求法律帮助：在处理复杂的劳动合同解除问题时，用人单位可以寻求专业律师的法律帮助，以确保处理方式的合法性和合规性。
最后，员工不愿意协商解除劳动合同时，用人单位应尊重员工的意愿，并依法进行处理。如果用人单位有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。