核心结论：员工发生工伤但不愿意治疗时，赔偿问题需分情况处理，具体如下：

1. 员工拒绝治疗的法律后果及赔偿原则
   根据《工伤保险条例》及《民法典》相关规定，员工有义务配合治疗以减少损失。若员工无正当理由拒绝治疗，可能导致以下后果：

   • 医疗费：工伤保险基金或用人单位仅承担“合理且必要”的医疗费用。若员工拒绝治疗导致伤情扩大，扩大部分的医疗费可能由员工自行承担。
     
   • 停工留薪期工资：停工留薪期一般以医疗机构出具的病假证明为准。若员工拒绝治疗且未提供病假证明，用人单位可能停发工资或按事假处理。
     
   • 伤残等级鉴定：若员工因拒绝治疗导致伤情加重，可能影响伤残等级鉴定结果，进而影响一次性伤残补助金、伤残津贴等赔偿金额。
     

2. 用人单位的应对措施

   • 沟通劝导：用人单位应首先与员工沟通，了解其拒绝治疗的原因（如经济困难、对治疗方案不满等），并协助解决实际问题（如申请工伤医疗费垫付、联系更权威的医疗机构等）。
     
   • 书面通知：若员工仍拒绝治疗，用人单位可书面通知其配合治疗，并告知拒绝治疗的法律后果（如影响赔偿金额）。
     
   • 证据固定：保留与员工的沟通记录、医疗机构出具的诊疗建议等证据，以备后续争议时使用。
     

3. 特殊情形处理

   • 员工因个人原因（如信仰、恐惧）拒绝治疗：用人单位可协商调整治疗方案（如更换医生、医院），或通过工会、劳动监察部门介入协调。
     
   • 员工因用人单位过错（如拖欠工资、未缴纳社保）拒绝治疗：员工可能主张用人单位承担全部赔偿责任，此时需结合具体过错程度及因果关系综合判断。
     

温馨提示：工伤赔偿问题涉及法律程序和证据固定，建议用人单位在处理时保持谨慎。若您遇到具体纠纷或需要进一步指导，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您详细解答。