国企代表政府签订的合同并由政府付款的合同，在一定条件下可以被认定为行政协议，但并非绝对。以下从不同角度进行分析：
行政协议的定义与特征
行政协议，又称行政合同，是行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。其核心特征在于：一方主体为行政机关，目的为实现公共利益或行政管理目标，内容具有行政法上的权利义务。
国企代表政府签订合同的性质
国企的法律地位：
- 国企作为独立法人，通常具有民事主体资格，可以独立承担民事责任。
- 但当国企代表政府签订合同，且该合同的目的、内容与行政管理或公共利益密切相关时，国企的行为可能被视为政府行为的延伸。
合同目的与内容：
- 如果合同的目的在于实现公共利益或行政管理目标，如基础设施建设、公共服务提供等，且合同内容涉及行政法上的权利义务，如政府特许经营、土地征收补偿等，则该合同更可能被认定为行政协议。
- 反之，如果合同目的仅为商业利益，且内容不涉及行政法上的权利义务，则更可能被认定为民事合同。
政府付款的性质：
- 政府付款本身并不直接决定合同的性质。但政府付款作为合同履行的一部分，如果与行政管理或公共利益密切相关，如政府购买公共服务、对特定项目的财政补贴等，则可能支持合同为行政协议的认定。
- 如果政府付款仅作为商业交易的对价，与行政管理或公共利益无直接关联，则不影响合同作为民事合同的性质。
司法实践中的认定标准
在司法实践中，法院通常会综合考虑以下因素来认定合同是否为行政协议：
- 合同主体：一方是否为行政机关或法律、法规、规章授权的组织。
- 合同目的：是否为实现公共利益或行政管理目标。
- 合同内容：是否涉及行政法上的权利义务。
- 合同履行：是否涉及行政机关的职权行使或公共资源的配置。
具体案例分析
假设某国企代表政府签订了一份城市基础设施建设项目合同，合同目的在于改善城市交通状况，提升公共服务水平，且合同内容涉及土地征收、规划许可等行政法上的权利义务，同时政府作为合同的一方负责付款。在此情况下，该合同更可能被认定为行政协议。
法律建议
对于合同签订方：
- 在签订合同时，应明确合同的目的、内容以及各方的权利义务，特别是要区分民事合同与行政协议的不同法律后果。
- 如果合同可能涉及行政管理或公共利益，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
对于合同相对方：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于合同性质、权利义务、争议解决等方面的约定。
- 如果对合同性质有疑问，可以要求合同签订方提供明确的说明或咨询专业律师。
在争议解决时：
- 如果合同被认定为行政协议，则争议解决可能涉及行政复议或行政诉讼等程序。
- 如果合同被认定为民事合同，则争议解决将遵循民事诉讼的程序和规则。
综上所述，国企代表政府签订的合同并由政府付款的合同，其是否构成行政协议需根据合同的具体目的、内容以及履行情况等因素综合判断。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。